Jest to polecenie TransDecoder.Predict, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
Transdekoder - prognoza białka transkryptomu
ZASTOSOWANIE
Wymagany:
-T transkrypty.fasta
Wspólne opcje:
--retain_long_orfs zachować wszystkie znalezione ORF, które są równe lub dłuższe niż te wiele nukleotydów, nawet jeśli nie ma innych dowodów
oznacza to jako kodowanie (domyślnie: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /ścieżka/do/pfam_db.hmm, aby wyszukać
za pomocą hmmscan (który powinien być dostępny za pośrednictwem ustawienia PATH)
--retain_blastp_hits
Opcje zaawansowane
--pociąg plik FASTA z ORF do trenowania Markov Mod do identyfikacji białek; W przeciwnym razie
najdłuższe używane nieredundantne ORF
-T Jeśli nie --train, najdłuższe ORF do trenowania modelu Markowa (statystyki heksameru) (domyślnie: 500)
2015-12-28 TRANSDEKODER.PRZEWIDYWANIE(1)
Korzystaj z TransDecoder.Predict online, korzystając z usług onworks.net
