Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie GMcloser, której najnowszą wersję można pobrać jako GMcloser-1.6.2.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie GMcloser z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
GMbliżej
Ad
OPIS
GMcloser wypełnia i zamyka luki obecne w zespołach rusztowań, zwłaszcza tych generowanych przez składanie całych genomów de novo z odczytami sekwencjonowania nowej generacji (NGS). W przeciwieństwie do innych narzędzi do zamykania luk, które używają tylko odczytów NGS, GMcloser wykorzystuje wstępnie złożone zestawy kontigów lub długie zestawy odczytów jako sekwencje do zamykania luk i wykorzystuje odczyty na końcach par (PE) oraz algorytm oparty na prawdopodobieństwie, aby poprawić dokładność i wydajność luki zamknięcie. Skuteczność zamykania szczelin można zwiększyć poprzez kolejne traktowanie różnymi zestawami kontigów.Towarzyszący pakiet, GMvalue, jest narzędziem do określania miejsc nieprawidłowego składania w kontigach i rusztowaniach. W przeciwieństwie do innych powiązanych narzędzi, GMvalue może definiować kategorie błędnego składania z kilkoma opcjami i może być stosowany do zespołów genomu o dużym rozmiarze. Korzystając z opcji -e, GMvalue generuje również bezbłędne złożenia, dzieląc lub poprawiając błędne złożenia.
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/gmcloser/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
