To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie kallisto, której najnowszą wersję można pobrać jako kallisto_windows-v0.50.0.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie kallisto z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
kalisto
OPIS
kallisto to program do niemal optymalnego oznaczania ilościowego transkryptów na podstawie danych RNA-Seq lub, bardziej ogólnie, sekwencji docelowych przy użyciu wysokoprzepustowych odczytów sekwencjonowania. Opiera się na idei wykorzystania pseudoalignmentu do szybkiego określenia odczytów i zgodności celów, bez potrzeby ustawiania.
Według testów porównawczych przeprowadzonych na komputerze stacjonarnym Mac kallisto może określić ilościowo 30 milionów ludzkich odczytów zbiorczych sekwencji RNA w mniej niż 3 minuty, korzystając wyłącznie z odczytanych sekwencji i indeksu transkryptomu, czego zbudowanie może zająć ponad 10 minut. A ponieważ wykorzystuje pseudowyrównanie, jest odporny na błędy w odczytach i zachowuje kluczowe informacje potrzebne do kwantyfikacji. Dzięki temu kalisto jest nie tylko szybkie, ale także bardzo dokładne. W wielu benchmarkach znacznie przewyższa nawet istniejące narzędzia.
Funkcje
- Używa pseudowyrównania
- Szybki i dokładny
- Ilościową masową sekwencję RNA można analizować metodą dociekania
- Można go używać z bustoolami do wstępnego przetwarzania danych dotyczących sekwencji RNA pojedynczych komórek
Język programowania
C
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
