Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie KMC-KaiC do działania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako KMC_KaiC_Original.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie KMC-KaiC, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
KMC-KaiC do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
Kod ten jest dedykowanym algorytmem Kinetic Monte Carlo (KMC), który symuluje model potranslacyjnego zegara dobowego Kai.Kod pozwala symulować system Kai na poziomie poszczególnych heksamerów i monomerów KaiC oraz wyraźnie śledzi obrót każdego nukleotydu ATP. Oprócz hydrolizy ATP wszystkie reakcje podlegają szczegółowej równowadze.
Zastosowanie kodu opisano w naszym artykule zatytułowanym „A Thermodynamically spójne model potranslacyjnego zegara okołodobowego Kai”, który jest swobodnie dostępny w czasopiśmie o otwartym dostępie PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*AKTUALIZACJA* Stworzyliśmy w pełni odwracalną wersję naszego modelu, obejmującą odwrotne reakcje hydrolizy ATP. Umożliwia to uruchomienie modelu w równowadze termodynamicznej. Tę wersję modelu można pobrać pod KMC_KaiC_Rev.zip.
Jeśli chcesz wykorzystać nasz model do własnych badań, zacytuj nasz artykuł dotyczący biologii obliczeniowej PLoS.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
C + +
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
