Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie locusvu do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako LocusVu.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie locusvu, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
locusvu do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
LocusVu to nowatorskie narzędzie programowe oparte na Javie, które akceptuje listę loci genomowych (pozycji na chromosomie) jako dane wejściowe i automatyzuje pobieranie powiązanych informacji (prążek cytogenetyczny, nazwa genu, dane OMIM itp.) z publicznych baz danych, takich jak przeglądarka genomu UCSC Baza danych. Następnie umożliwia wiele przepływów pracy na pobranych wynikach, takich jak porównywanie wielu zestawów danych (genomika porównawcza), przeglądanie sąsiednich genów dla loci z samego narzędzia lub graficzne przedstawianie tych wyników na wykresach słupkowych / kołowych. LocusVu ma prosty, łatwy w użyciu graficzny interfejs użytkownika na interfejsie użytkownika, który umożliwia intuicyjną interakcję użytkownika z podstawową logiką.Narzędzie można łatwo rozszerzyć o obsługę innych baz danych (np. Ensembl) lub pobieranie informacji
z innych tabel w bazie danych. W ten sposób LocusVu zapewnia podstawową platformę, z której mogą korzystać zarówno użytkownicy, jak i programiści, upraszczając istniejące przepływy pracy i tworząc nowe w celu wspierania analizy danych w genomice.
Korzyści
- Automatyzuje pobieranie danych z baz danych (obecnie baza danych przeglądarki genomu UCSC)
- Włącza przepływy pracy na pobranych wynikach, takich jak...
- ..porównywanie wielu zestawów danych (genomika porównawcza)
- ..wyświetl sąsiadujące geny dla locus (z poziomu samego narzędzia)
- ..graficznie przedstawiaj wyniki (wykresy słupkowe / kołowe)
- Łatwy w użyciu graficzny interfejs użytkownika na interfejsie zapewnia intuicyjną obsługę
- Rejestrowanie za pomocą Log4j w celu łatwego debugowania
- Łatwo rozszerzalny
Publiczność
Nauka/Badania, Deweloperzy
Interfejs użytkownika
Huśtawka Java
Język programowania
Java
Środowisko bazy danych
MySQL
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/locusvu/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
