To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie miRDP2 do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako miRDP2-v1.1.4.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie miRDP2, aby działać w systemie Linux online z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
miRDP2 do uruchomienia w Linuksie online
Ad
OPIS
miRDeep-P2 (miRDP2) został opracowany w celu dokładnej i szybkiej analizy transkryptomu mikroRNA (miRNA) w roślinach. Został przejęty z miRDeep-P (miRDP) z nowymi strategiami i poprawionym algorytmem. Przetestowaliśmy miRDP2 w celu analizy transkryptomów miRNA w takich roślinach o stopniowo zwiększanej wielkości genomu, jak Arabidopsis, ryż, pomidor, kukurydza i pszenica. W porównaniu z miRDeep-P i kilkoma innymi narzędziami obliczeniowymi miRDP2 przetwarzał dane NGS z większą szybkością. Poprzez włączenie nowo zaktualizowanych kryteriów adnotacji miRNA roślin, znacznie poprawia się również dokładność miRDP2. Nasze wyniki pokazują, że miRDP2 jest szybkim i dokładnym narzędziem do analizy transkryptomu miRNA w roślinach.Numer referencyjny: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Funkcjonalności
- małe RNA
- mikroRNA (miRNA)
- Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS)
- Perl
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Perl
Środowisko bazy danych
Perla DBI/DBD
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
