To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie Pontos, działająca w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako Pontos-3.0.jar. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie Pontos, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
Pontos do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
Pontos to łatwy w użyciu, graficzny program Java do obliczania nieskorygowanych macierzy odległości (lub podobieństwa) na podstawie dopasowania sekwencji DNA w formacie PHYLIP. Tworzy również "różnice" wyrównań od zwykłych (i odwrotnie).Potrafi radzić sobie z lukami i niejasnościami na różne sposoby.
Luki mogą być:
- wszystkie używane;
- wszystko ignorowane;
- ignorowane tylko na końcach sekwencji, w parach;
- ignorowane tylko na końcach, ale teraz globalnie (w efekcie przycinanie całego dopasowania do sekwencji najdalszych od końców).
Niejasności (rzeczy takie jak R, Y, N, W, itp. w sekwencji DNA) można traktować jako:
- traktuj niejasności jako zawsze różne;
- rozważ niejednoznaczność jako częściowo różną (np. R będzie o 0.5 różne od A lub G);
- ignoruj niejednoznaczności w każdym porównaniu parami;
- usuń globalnie wszystkie kolumny, które wykazują jakiekolwiek niejasności.
Pontos został napisany w Linuksie, ale powinien działać w każdym systemie, w którym działa Java. Pontos jest objęty licencją GPL w wersji 3.
Publiczność
Nauka/badania, użytkownicy końcowi/komputery
Interfejs użytkownika
Huśtawka Java
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/pontos/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
