Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie RGAAT do działania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako RGAAT.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie RGAAT, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
RGAAT do działania w systemie Linux online
OPIS
Ten program może składać i / lub opisywać genom dla nowego genomu i znanej aktualizacji genomu za pomocą pliku dopasowania sekwencji (format SAM lub BAM), pliku wariantu sekwencji (format VCF lub tabeli z pięcioma kolumnami (rozdzielone tabulatorami, w tym chromosom, pozycja, identyfikator, odniesienie allel i allel alternatywny)) lub nowy plik sekwencji genomu (format FASTA) oparty na pliku sekwencji genomu referencyjnego (format FASTA) i pliku adnotacji (format TBL, GTF, GFF, GFF3 lub BED).Funkcjonalności
- identyfikacja zmienności sekwencji
- budowanie sekwencji konsensusu genomu
- modyfikacja genomu
- porównanie genomu
- adnotacja genomu
- budowanie konwersji współrzędnych genomu między różnymi wersjami zespołu genomu
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Perl
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/rgaat/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
