altree-convertp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

altree-convert - Título ...

SINOPSE

altree-convert [opções]

opções:
- versão do programa de versão
--short-help | h breve mensagem de ajuda
--help mensagem de ajuda com descrições de opções
- documentação completa do homem
--first-input-file | i input file 1
--second-input-file | j arquivo de entrada 2 (não obrigatório)
--output-file | o arquivo de saída
--case-control-output | c saída contendo os casos / controles nb
--data-type | t DNA | NUM
--phylo-prog | p PAUP | PHYLIP
--reconstruct-prog | r PHASE | FAMHAP
--data-quali | q Tipo de dados: qualitativos ou quantitativos
--nbind-threshold | s Número mínimo de indivíduos necessários para manter um haplótipo

OPÇÕES

--versão
Imprime a versão do programa e sai.

--short-ajuda
Imprime uma breve mensagem de ajuda e sai.

--Socorro Imprima uma mensagem de ajuda com descrições de opções e saídas.

--cara Imprime a página do manual e sai.

--first-input-file | i
Arquivo de entrada 1 (saída do programa de reconstrução de haplótipo)

--segundo arquivo de entrada | j
Arquivo de entrada 2 (segunda saída do famhap ou arquivo contendo o status da doença)

--output-file | o
Arquivo de saída

--caso-controle-saída | c
Arquivo de saída contendo o número de casos e controles carregando cada haplótipo

--data-type | t "DNA" | "SNP"
Tipo de dados: DNA (ATGCU) ou SNP (0-1)

--phylo-prog | p "phylip" | "paup"
Programa de reconstrução da filogenia

reconstruir-prog | r "famhap | fase"
Programa de reconstrução de haplótipos

data-quali | q "qualitativo | quantitativo"
Tipo de dados analisados

nbind-threshold | s
Número mínimo de indivíduos portadores de um haplótipo necessários para mantê-lo por
análise posterior. Se você quiser manter todos os haplótipos, você deve afetar 0 para este
variável

DESCRIÇÃO

Esta programa irá ler o (s) arquivo (s) de entrada fornecido (s) e gerar um arquivo de entrada para o
software de reconstrução filogenética paup ou phylip / paml

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