Este é o comando andi que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
andi - estima a distância evolutiva
SINOPSE
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODELO] [-t INT] ARQUIVOS...
DESCRIÇÃO
andi estima a distância evolutiva entre genomas intimamente relacionados. Por esta andi
lê as sequências de entrada de RÁPIDO arquivos e calcula a distância de âncora par a par. o
A ideia por trás disso é explicada em um artigo de Haubold et al. (Veja abaixo).
SAÍDA
A saída é uma matriz de distância simétrica em FILIP formato, com cada entrada representando
divergência com um número real positivo. Uma distância de zero significa que duas sequências são
idênticos, enquanto outros valores são estimativas para a taxa de substituição de nucleotídeos (Jukes-
Cantor corrigido). Por razões técnicas, a comparação pode falhar e nenhuma estimativa pode ser
computado. Em tais casos nan é impresso. Isso significa que as sequências de entrada foram
muito curto (<200bp) ou muito diversificado (K> 0.5) para que nosso método funcione corretamente.
OPÇÕES
-b, --bootstrap
Calcule matrizes de distâncias múltiplas, com n-1 bootstrapped desde o primeiro. Veja o
artigo Klötzl & Haubold (2016, em revisão) para uma explicação detalhada.
-j, --Junte
Use este modo se cada um de seus RÁPIDO arquivos representam uma montagem com numerosos
contig. andi irá então tratar todas as sequências contidas por arquivo como um único
genoma. Neste modo, pelo menos um nome de arquivo deve ser fornecido via linha de comando
argumentos. Para a saída, o nome do arquivo é usado para identificar cada sequência.
-l, --Memória baixa
No modo multithread, andi requer memória linear para a quantidade de threads. o
o modo de pouca memória muda isso para uma demanda constante independente do número usado
de tópicos. Infelizmente, isso tem um custo significativo de tempo de execução.
-m, --modelo
Diferentes modelos de evolução de nucleotídeos são suportados. Por padrão, o Jukes-Cantor
correção é usada.
-p
Significado de um par âncora; padrão: 0.05.
-t
O número de threads a serem usados; por padrão, todos os processadores disponíveis são usados.
Multithreading só está disponível se andi foi compilado com suporte a OpenMP.
-v, --verbose
Imprime informações adicionais. Aplique várias vezes para verbosidade extra.
-h, --Socorro
Imprime a sinopse e uma explicação das opções disponíveis.
--versão
Emite informações de versão e confirmações.
DIREITOS AUTORAIS
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Licença GPLv3 +: GNU GPL versão 3 ou posterior.
Este é um software livre: você é livre para alterá-lo e redistribuí-lo. NÃO HÁ GARANTIA,
na medida permitida por lei. O texto completo da licença está disponível em
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
AGRADECIMENTOS
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. e Pfaffelhuber, P. (2015). andi: rápido e preciso
estimativa de distâncias evolutivas entre genomas intimamente relacionados
2) Algoritmos: Ohlebusch, E. (2013). Algoritmos de bioinformática. Análise de sequência, genoma
Reorganizações e reconstrução filogenética. pp 118f.
3) Construção SA: Mori, Y. (2005). Breve descrição do sufixo aprimorado de dois estágios
algoritmo de classificação. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Use andi online usando serviços onworks.net
