Este é o comando asn2ff que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
asn2ff - converte dados biológicos ASN.1 em um formato simples (versão antiga)
SINOPSE
asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a nome do arquivo] [-b] [-d] [-e]
[-f b / p / e / s / x / z] [-g] [-h F] [-k F] [-l nome do arquivo] [-m r / d / s / c / k / l / e / p] [-n F]
[-o nome do arquivo] [-p F] [-q] [-r nome do arquivo] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]
DESCRIÇÃO
asn2ff converte descrições de sequências biológicas do formato ASN.1 do NCBI para um dos
vários formatos de arquivo simples. Este programa foi desenvolvido em torno de uma interface obsoleta; por favor
usar asn2gb(1) ao invés.
OPÇÕES
Um resumo das opções está incluído abaixo.
- Imprimir mensagem de uso
-A X Mostrar região começando em X (o padrão é 0)
-B X Mostrar região terminando em X (o padrão é a última posição)
-C Mostrar comentários do Bankit
-G A saída é um dos principais bioseq apenas na visualização do genoma
-L F Use o formato de linha LOCUS antigo (pré-Genbank 127.0)
-M A saída é bioseqs de mapa apenas
-R Para lançamento do GenBank
-V F Não use a VERSÃO
-a nome do arquivo
Nome do arquivo para entrada ASN.1 (o padrão é stdin)
-b Entrada asnfile em modo binário
-d Use a indexação SeqMgr
-e A entrada é uma entrada Seq
-f b / p / e / s / x / z
Formato de saída:
b GenBank (padrão)
p GenPept
e EMBL
s PseudoEMBL
x GenBank Select
z EMBLPEPT
-g Mostrar números de kimono
-h F Ocultar sequência
-k F Não use conjuntos complexos (phy-set, mut-set, pop-set)
-l nome do arquivo
Registrar erros em nome do arquivo
-m r / d / s / c / k / l / e / p
modo de saída:
versão r (padrão)
despejar
s Lantejoula
c cromoscópio
k dir-sub-depuração
eu dir-sub
e revisar
p relatório parcial
-n F Ligação estrita de genes
-o nome do arquivo
Nome do arquivo de saída (o padrão é stdout)
-p F Omitir novas características genéticas
-q A saída é apenas um dos principais bioseq
-r nome do arquivo
Arquivo de log de erro de saída (o padrão é stderr)
-s A entrada é um envio de Seq
-t Mostrar o texto da mensagem detalhada
-v F Suprimir mensagens de erro
-w Use o formato de saída HTML
-y Imprimir apenas formato de ajuda
-z Novo algoritmo para nomes de orgnames
Use asn2ff online usando serviços onworks.net
