bp_revtrans-motifp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

bp_revtrans-motif - Reverter a tradução de um motivo de proteína semelhante ao Profam

VERSÃO

versão 0.01

SINOPSE

De um arquivo:

bp_revtrans-motif.pl -i motivos.txt

Usando tubos:

bp_revtrans-motif.pl <motifs.txt> output.txt

Usando interativamente no prompt de comando:

$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL [VIKP]
1.ATGCNGCNGARGARYTNVHN
[^ P] H (IW) {2,3}
2. NDNCAY (ATHTGG) {2,3}

DESCRIÇÃO

Este script pega um motivo de proteína como entrada e retorna um oligonucleotídeo degenerado
sequência correspondente a ele. A principal razão para fazer isso é projetar degenerar
primers que amplificam um determinado padrão de sequência.

O motivo de entrada consiste em uma sequência de resíduos de uma letra, com qualquer um dos seguintes
elementos sintáticos:

[...] : Posição redundante.
Uma posição na qual mais de um resíduo é permitido. Exemplo:

[TS] YW [RKSD]
^^ ^^^^

[^ ...] : Posição negada.
Uma posição em que qualquer resíduo é permitido, salvo para aqueles entre colchetes. Exemplo:

[^ PW] MK [LAE]
^^

(...) {n, m, ...} : Motivo repetido.
Um motivo que se repete n or m vezes. Pode ter qualquer uma das sintaxes anteriores
elementos Exemplo:

A [SN] C (TXX) {2,4,8}
^^^

As letras permitidas são aquelas que correspondem aos 20 aminoácidos naturais, mais:

B = N + D
Z = Q + E
X = tudo

OPÇÕES

-i Arquivo de entrada:
Um arquivo com uma lista de motivos para tradução reversa.

-h
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