detectChimera - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

sim4dbutils - utilitários para trabalhar com arquivos de alinhamento gerados por sim4db

convertPolishes - converte entre os formatos sim4db e GFF3
filterPolishes - filtra alinhamentos com base na identidade, cobertura e comprimento da sequência.
mergePolishes - mesclar alinhamentos de vários arquivos
sortPolishes - classificar alinhamentos por cDNA ou índice de sequência genômica ou nome de sequência
convertToExtent - converter do formato sim4db para um formato delimitado por tabulação de linha única
fixPolishesIID - Atualiza um arquivo sim4db para usar o índice de sequência de um arquivo fasta específico.
Também pode ser usado para extrair um subconjunto dos alinhamentos do arquivo sim4db.
depthOfPolishes - Produz um histograma delimitado por tabulação da profundidade dos polimentos em vários
tamanhos de janela.
headPolishes - imprime os primeiros N alinhamentos em um arquivo, semelhante a cabeça(1)
pickBestPolish - relata apenas o 'melhor' alinhamento para cada cDNA
pickUniquePolish - relata alinhamentos onde há um único alinhamento melhor e claro para
cada cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Gera (1) um histograma da porcentagem de identidade, (2) um
histograma da porcentagem de cobertura e (3) uma lista de porcentagem de identidade e cobertura (para
usar em um gráfico de dispersão).
uniqPolishes - Filtra todos os alinhamentos para cDNA com alinhamentos múltiplos (-uniq) ou
com um único alinhamento (-dupl). Igual a único(1)
realignPolishes - recalcula os alinhamentos listados em um arquivo sim4db.
reportAlignmentDifferences - gera um histograma dos tipos de erros em um conjunto de
alinhamentos Não suportado e Obsoleto
comparePolishes - correlaciona alinhamentos em dois arquivos.
convertToAtac - Converte do formato sim4db para o formato ATAC.
detectChimera - examina alinhamentos para sequências que podem ser quiméricas.
mappedCoverage - Informa a quantidade da sequência de consulta (EST, cDNA) que é coberta por
alinhamentos.
parseSNP - Analisa alinhamentos para SNPs.
removeDuplicate - procura na entrada alinhamentos duplicados.
vennPolishes - Gera um diagrama de Venn para vários arquivos sim4db. Usados internamente by
Mapeador EST limparPolimentos
sumisePolishes

DESCRIÇÃO

Esses programas são uma variedade de utilitários para trabalhar sim4db(1) arquivos de alinhamento gerados.

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