Este é o comando digeste que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
digerir - Relatórios sobre enzimas proteolíticas de proteínas ou locais de clivagem de reagentes
SINOPSE
digerir -seqall sequência -mwdados arquivo de dados -cardápio Lista -mono booleano -desfavorecido booleano
-ragging booleano -terminais Lista -sobreposição booleano -todos os parciais booleano
-arquivo de saída Denunciar
digerir -Socorro
DESCRIÇÃO
digerir é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Proteína: Motivos".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqall sequência
-mwdados arquivo de dados
Dados de peso molecular para aminoácidos Valor padrão: Emolwt.dat
Exigido seção
-cardápio Lista
Valor padrão: 1
-mono booleano
Valor padrão: N
Avançado seção
-desfavorecido booleano
A tripsina normalmente não corta após 'KR' se eles forem seguidos por qualquer um de 'KRIFLP'.
Lys-C normalmente não cortará depois de 'K' se for seguido por 'P'. Arg-C não
normalmente cortado após 'R' se for seguido por 'P'. V8-bicarbe normalmente não corta após
'E' se for seguido por qualquer um de 'KREP'. V8-phosph não cortará normalmente após 'DE' se
eles são seguidos por 'P'. A quimiotripsina normalmente não corta após 'FYWLM' se eles forem
seguido por 'P'. Especificar desfavoráveis mostra esses cortes desfavoráveis, bem como o
favorecidos.
-ragging booleano
Permite digestão semi-específica e não específica. Esta opção é particularmente útil
para gerar listas de sequências de peptídeos para identificação de proteínas usando
espectrometria de massa.
-terminais Lista
Valor padrão: 1
saída seção
-sobreposição booleano
Usado para digestão parcial. Mostra todos os cortes de locais de corte favoritos mais 1..3, 2..4,
3..5 etc, mas não (por exemplo) 2..5. As sobreposições são, portanto, fragmentos com exatamente um
potencial site de corte dentro dele.
-todos os parciais booleano
Quanto à sobreposição, mas fragmentos contendo mais de um local de corte potencial estão incluídos.
-arquivo de saída Denunciar
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