dsimulator - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

dsimulator - gera leituras sintéticas para um genoma aleatório

SINOPSE

simulador genlen: double [-cduplo (20.)] [-bduplo (5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-eduplo (15)][-Mlima]

DESCRIÇÃO

simulador primeiro gera um genoma falso de tamanho Genlen* 1Mb de comprimento, que tem um viés AT de
-b. Em seguida, ele gera leituras de amostra de comprimento médio -m de um comprimento log-normal
distribuição com desvio padrão -s, mas ignora leituras de comprimento menor que -x. Ele
coleta leituras suficientes para cobrir o genoma -c tempos e apresenta -e erros de fração em
cada leitura onde a proporção de inserções, exclusões e substituições são definidas por
constantes INS_RATE (padrão 73%) e DEL_RATE (padrão 20%) em generate.c. Um pode
também controlar a taxa na qual as leituras são selecionadas das vertentes direta e reversa por
configurando a constante definida FLIP_RATE (padrão 50/50). o -r opção semeia o aleatório
gerador de números para a geração do genoma para que se possa gerar reprodutivelmente
o mesmo genoma subjacente para amostrar. Se este parâmetro estiver faltando, o id do trabalho
da invocação semeia o gerador de números aleatórios. A saída é enviada para o padrão
saída (ou seja, é um canal UNIX). A saída está no formato Pacbio .fasta adequado como entrada
para fasta2DB(1). finalmente, o -M opção solicita que as coordenadas de cada leitura
foi amostrado são gravados no arquivo indicado, uma linha por leitura, codificado em ASCII.
Este arquivo de "mapa" diz essencialmente onde cada leitura pertence a uma montagem e é muito
útil para fins de depuração e teste. Se um par de leitura for b, e então se b <e o
read foi amostrado de [b, e] na direção para frente, e se b> e de [e, b] no
direção oposta.

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