Este é o comando ecoPCR que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
ecoPCR - em busca de sequência e taxonomia de hibridação com determinados primers
SINOPSE
ecoPCR [opções] <nucleotídeo padrões>
DESCRIÇÃO
ecoPCR é um software de PCR eletrônico desenvolvido pela LECA e Helix-Project. Ajuda a
estimar a qualidade dos primers de código de barras.
OPÇÕES
-a : Concentração de sal em M para cálculo de Tm (padrão 0.05 M)
-c : Considere que as sequências do banco de dados são [c] irculares
-d : [D] atabase: para coincidir com o formato esperado, o banco de dados
tem que ser formatado primeiro pelo ecoPCRFormat(1) programa. ecoPCRFormat(1) cria
três tipos de arquivo:
.sdx: contém as sequências
.tdx: contém informações sobre a taxonomia
.rdx: contém a classificação de taxonomia
ecoPCR precisa de todo o tipo de arquivo. Como resultado, você deve escrever o radical do banco de dados
sem qualquer extensão. Por exemplo / ecoPCRDB / gbmam
-D : Mantém o número especificado de nucleotídeos em cada lado do in silico
sequências amplificadas (incluindo o fragmento de DNA amplificado mais os dois alvos
sequências dos primers).
-e : [E] rror: erros máximos permitidos pelo oligonucleotídeo (0 por padrão)
-h : [H] elp - imprimir ajuda
-i : [I] gnorei o id de taxonomia fornecido.
Os id de taxonomia estão disponíveis usando o programa ecofind. veja sua ajuda digitando ecofind
-h para obter mais informações.
-k : Modo [K] ingdom: definir o modo reino
modo super reino por padrão.
-l : mínimo [L] ength: define o comprimento mínimo da ampliação.
-L : máximo [L] ength: define o comprimento máximo de amplication.
-m : Método de correção de sal para cálculo de Tm (SANTALUCIA: 1
ou OWCZARZY: 2, padrão = 1)
-r : [R] restringe a pesquisa ao id taxonômico fornecido.
Os id de taxonomia estão disponíveis usando o programa ecofind. veja sua ajuda digitando ecofind
-h para obter mais informações.
primeiro argumento: oligonucleotídeo para fita direta
segundo argumento: oligonucleotídeo para fita reversa
Descrição do resultado da tabela:
coluna 1: número de acesso
coluna 2: comprimento da sequência
coluna 3: id taxonômico
coluna 4: classificação
coluna 5: identificação taxonômica da espécie
coluna 6: nome científico
coluna 7: gênero taxonômico id
coluna 8: nome do gênero
coluna 9: família taxonômica id
coluna 10: sobrenome
coluna 11: id taxonômico do super-reino
coluna 12: nome do super reino
coluna 13: fita (direta ou reversa)
coluna 14: primeiro oligonucleotídeo
coluna 15: número de erros para a primeira vertente
coluna 16: Tm para hibridização do iniciador 1 neste local
coluna 17: segundo oligonucleotídeo
coluna 18: número de erros para a segunda fita
coluna 19: Tm para hibridização do iniciador 1 neste local
coluna 20: comprimento de amplificação
coluna 21: sequência
coluna 22: definição
Use ecoPCR online usando serviços onworks.net
