eprimer32e - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

eprimer32 - seleciona primers de PCR e oligos de hibridização

SINOPSE

eprimer32 -seqüência sequência [-primer alternancia] -tarefa Lista [-sonda híbrida alternancia]
-mishyblibraryfile no arquivo -mispriminglibraryfile no arquivo [-numretorno número inteiro]
[- região incluída alcance] [-região de destino alcance] [-região excluída alcance]
[-entrada de encaminhamento corda] [-entrada reversa corda] -gcclamp número inteiro -osize número inteiro
-minize número inteiro -tamanho máximo número inteiro -otm flutuar -hortelã flutuar -maxtm flutuar
-maxdifftm flutuar -ogc por cento flutuar -mingc flutuar -maxgc flutuar -salconc flutuar
-dnaconc flutuar -maxpolyx número inteiro -psizeopt número inteiro -prange alcance -ptmopt flutuar
-ptmmin flutuar -ptmmax flutuar -oregião excluída alcance -oligoinput corda
-osizeopt número inteiro -ominize número inteiro -omaxsize número inteiro -otmopt flutuar
-otmmin flutuar -otmmax flutuar -ogcopt flutuar -ogcmin flutuar -ogcmax flutuar
-saltconc flutuar -odnaconc flutuar -eu mesmo flutuar -se flutuar
-opolyxmax número inteiro -omishybmax flutuar -explicar sinalizador booleano -fileflag booleano
-índice de primeira base número inteiro -escolher assim mesmo booleano -maxmispriming flutuar
-pairmaxmispriming flutuar -numnsaceito número inteiro -selfany flutuar -entendendo flutuar
- correção Lista -tmfórmula Lista -maxendestabilidade flutuar -arquivo de saída arquivo de saída

eprimer32 -Socorro

DESCRIÇÃO

eprimer32 é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Nucleic: Primers".

OPÇÕES

Entrada seção
-seqüência sequência
A sequência a partir da qual escolher os primers. A sequência deve ser apresentada 5 'a 3'

-primer alternancia
Diga ao Eprimer32 para escolher o (s) primer (es) Valor padrão: Y

-tarefa Lista
Diga ao Eprimer32 que tarefa executar. Os valores legais são 1: 'Selecionar primers PCR', 2: 'Selecionar
somente primer direto ', 3:' Selecionar primer reverso somente ', 4:' Não são necessários primers '. Predefinição
valor: 1

-sonda híbrida alternancia
Um 'oligo interno' se destina a ser usado como uma sonda de hibridização (sonda hyb) para
detectar o produto de PCR após a amplificação. Valor padrão: N

-mishyblibraryfile no arquivo
Semelhante a MISPRIMING-LIBRARY, exceto que o evento que buscamos evitar é a hibridização
do oligo interno para sequências nesta biblioteca, em vez de iniciar a partir delas. o
o arquivo deve estar no formato FASTA (um pouco restrito) (WB Pearson e DJ Lipman,
PNAS 85: 8 pp 2444-2448 [1988]); discutimos brevemente a organização deste arquivo
abaixo. Se este parâmetro for especificado, o Eprimer32 alinha localmente cada candidato
oligo contra cada sequência de biblioteca e rejeita aqueles primers para os quais o local
pontuação de alinhamento vezes que um peso especificado (veja abaixo) excede
INTERNAL-OLIGO-MAX-MISHYB. (O valor máximo do peso é arbitrariamente definido para
12.0.) Cada entrada de sequência no arquivo de formato FASTA deve começar com uma 'linha de id' que
começa com '>'. O conteúdo da linha id é 'ligeiramente restrito' nesse
Eprimer32 analisa tudo após qualquer asterisco opcional ('*') como um ponto flutuante
número a ser usado como o peso mencionado acima. Se a linha de id não contém asterisco, então
o peso padrão é 1.0. O sistema de pontuação de alinhamento usado é o mesmo que para
cálculo da complementaridade entre os oligos (por exemplo, SELF-ANY). O restante de uma entrada
contém a sequência como linhas seguindo a linha de id até uma linha começando com '>'
ou o fim do arquivo. Espaços em branco e novas linhas são ignorados. Caracteres 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' são retidos e qualquer outro caractere é convertido para 'N' (com
a consequência de quaisquer códigos IUB / IUPAC para bases ambíguas serem convertidos em 'N').
Não há restrições quanto ao comprimento da linha. Um valor vazio para este parâmetro indica
que nenhuma biblioteca deve ser usada.

-mispriminglibraryfile no arquivo
O nome de um arquivo contendo uma biblioteca de sequências de nucleotídeos para evitar
amplificação (por exemplo, sequências repetitivas, ou possivelmente as sequências de genes em um
família de genes que não deve ser amplificada. O arquivo deve estar em (um pouco restrito)
Formato FASTA (WB Pearson e DJ Lipman, PNAS 85: 8 pp 2444-2448 [1988]); nós
discuta brevemente a organização deste arquivo abaixo. Se este parâmetro for especificado
então Eprimer32 alinha localmente cada iniciador candidato contra cada sequência de biblioteca e
rejeita aqueles primers para os quais a pontuação de alinhamento local vezes um peso especificado
(veja abaixo) excede MAX-MISPRIMING. (O valor máximo do peso é arbitrariamente
definido como 100.0.) Cada entrada de sequência no arquivo de formato FASTA deve começar com um 'id
linha 'que começa com'> '. O conteúdo da linha id é 'ligeiramente restrito' em
que o Eprimer32 analisa tudo após qualquer asterisco opcional ('*') como um ponto flutuante
número a ser usado como o peso mencionado acima. Se a linha de id não contém asterisco, então
o peso padrão é 1.0. O sistema de pontuação de alinhamento usado é o mesmo que para
cálculo da complementaridade entre os oligos (por exemplo, SELF-ANY). O restante de uma entrada
contém a sequência como linhas seguindo a linha de id até uma linha começando com '>'
ou o fim do arquivo. Espaços em branco e novas linhas são ignorados. Caracteres 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' são retidos e qualquer outro caractere é convertido para 'N' (com
a consequência de quaisquer códigos IUB / IUPAC para bases ambíguas serem convertidos em 'N').
Não há restrições quanto ao comprimento da linha. Um valor vazio para este parâmetro indica
que nenhuma biblioteca de repetição deve ser usada.

Adicional seção
Programa opções
-numretorno número inteiro
O número máximo de pares de primer a serem retornados. Os pares de primer retornados são classificados por
sua 'qualidade', em outras palavras, pelo valor da função objetivo (onde um menor
número indica um par de primer melhor). Cuidado: definir este parâmetro para um grande
valor aumentará o tempo de execução. Valor padrão: 5

Seqüência opções
- região incluída alcance
Uma sub-região da sequência dada na qual selecionar os iniciadores. Por exemplo, muitas vezes o
a primeira dúzia ou mais de bases de uma sequência são vetores e devem ser excluídas de
consideração. O valor para este parâmetro tem a forma (início), (final) onde (início)
é o índice da primeira base a considerar, e (final) é o último no
região de escolha de primer.

-região de destino alcance
Se um ou mais alvos forem especificados, um par de primer legal deve flanquear pelo menos um
deles. Um destino pode ser um site de repetição de sequência simples (por exemplo, uma repetição de CA) ou
um polimorfismo de par de base único. O valor deve ser uma lista separada por espaços de
(início), (final) pares onde (início) é o índice da primeira base de um alvo, e
(fim) é o último Ex. 50,51 requer primers para cercar as 2 bases nas posições 50
e 51.

-região excluída alcance
Os oligos do primer não podem se sobrepor a nenhuma região especificada nesta tag. O valor associado
deve ser uma lista separada por espaço de (início), (final) pares onde (início) é o índice de
a primeira base da região excluída e e (fim) é a última. Esta tag é útil
para tarefas como excluir regiões de baixa qualidade de sequência ou para excluir regiões
contendo elementos repetitivos, como ALUs ou LINEs. Por exemplo, 401,407 68,70 proíbe
seleção de primers nas 7 bases começando em 401 e nas 3 bases em 68.

-entrada de encaminhamento corda
A sequência de um primer direto para verificar e em torno do qual projetar primers reversos
e oligos internos opcionais. Deve ser uma substring de SEQUENCE.

-entrada reversa corda
A sequência de um primer reverso para verificar e em torno da qual projetar primers diretos
e oligos internos opcionais. Deve ser uma substring da fita reversa de SEQUENCE.

Cartilha opções
-gcclamp número inteiro
Requer o número especificado de Gs e Cs consecutivos na extremidade 3 'de ambos os
primer para a frente e para trás. (Este parâmetro não tem efeito sobre o oligo interno se houver
é requerido.)

-osize número inteiro
Comprimento ótimo (em bases) de um oligo primário. Eprimer32 tentará selecionar primers
perto deste comprimento. Valor padrão: 20

-minize número inteiro
Comprimento mínimo aceitável de um primer. Deve ser maior que 0 e menor ou igual
para MAX-SIZE. Valor padrão: 18

-tamanho máximo número inteiro
Comprimento máximo aceitável (em bases) de um primer. Atualmente este parâmetro não pode ser
maior que 35. Este limite é regido pelo tamanho máximo do oligo para o qual Eprimer32's
temperatura de fusão é válida. Valor padrão: 27

-otm flutuar
Temperatura de fusão ideal (Celsius) para um oligo primer. Eprimer32 tentará escolher
primers com temperatura de fusão estão próximos a esta temperatura. O oligo derretendo
fórmula de temperatura em Eprimer32 é aquela dada em Rychlik, Spencer e Rhoads, Nucleic
Acids Research, vol 18, num 21, pp 6409-6412 e Breslauer, Frank, Bloecker e Marky,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol 83, pp 3746-3750. Por favor, consulte o artigo anterior para
discussão de fundo. Valor padrão: 60.0

-hortelã flutuar
Temperatura de fusão mínima aceitável (Celsius) para um oligo de primer. Valor padrão:
57.0

-maxtm flutuar
Temperatura máxima de fusão aceitável (Celsius) para um oligo de primer. Valor padrão:
63.0

-maxdifftm flutuar
Diferença máxima aceitável (sem sinal) entre as temperaturas de fusão do
primers direto e reverso. Valor padrão: 100.0

-ogc por cento flutuar
Porcentagem ótima de primer GC. Valor padrão: 50.0

-mingc flutuar
Porcentagem mínima permitida de Gs e Cs em qualquer primer. Valor padrão: 20.0

-maxgc flutuar
Porcentagem máxima permitida de Gs e Cs em qualquer primer gerado pelo Primer. Predefinição
valor: 80.0

-salconc flutuar
A concentração milimolar de sal (geralmente KCl) na PCR. Eprimer32 usa este
argumento para calcular as temperaturas de fusão do oligo. Valor padrão: 50.0

-dnaconc flutuar
A concentração nanomolar de oligos de anelamento na PCR. Eprimer32 usa este
argumento para calcular as temperaturas de fusão do oligo. O padrão (50nM) funciona bem com
o protocolo padrão usado no Whitehead / MIT Center for Genome Research - 0.5
microlitros de concentração micromolar de 20 para cada oligo primer em um microlitro de 20
reação com modelo de 10 nanogramas, 0.025 unidades / microlitro Taq polimerase em 0.1 mM
cada dNTP, 1.5mM MgCl2, 50mM KCl, 10mM Tris-HCL (pH 9.3) usando 35 ciclos com um
temperatura de recozimento de 56 graus Celsius. Este parâmetro corresponde a 'c' em
Equação (ii) de Rychlik, Spencer e Rhoads (Nucleic Acids Research, vol 18, número 21)
onde um valor adequado (para uma concentração inicial inferior de modelo) é 'empiricamente
determinado'. O valor deste parâmetro é menor do que a concentração real de
oligos na reação porque é a concentração de oligos de recozimento, que em
sua vez depende da quantidade de modelo (incluindo produto de PCR) em um determinado ciclo. Esse
a concentração aumenta muito durante um PCR; felizmente o PCR parece bastante robusto
para uma variedade de temperaturas de fusão de oligo. Veja CONSELHOS PARA ESCOLHER PRIMERS. Predefinição
valor: 50.0

-maxpolyx número inteiro
O comprimento máximo permitido de uma repetição de mononucleotídeo em um primer, por exemplo
AAAAAA. Valor padrão: 5

Produto opções
-psizeopt número inteiro
O tamanho ideal para o produto PCR. 0 indica que não há produto ideal
Tamanho. Valor padrão: 200

-prange alcance
Os valores associados especificam os comprimentos do produto que o usuário deseja
primers para criar, e é uma lista de elementos separados por espaço da forma (x) - (y) onde
um par (x) - (y) é uma faixa legal de comprimentos para o produto. Por exemplo, se alguém quiser
Os produtos de PCR devem estar entre 100 a 150 bases (inclusive), então um definiria isso
parâmetro para 100-150. Se alguém deseja produtos de PCR na faixa de 100 a 150
bases ou na faixa de 200 a 250 bases, então um definiria este parâmetro para
100-150 200-250. Eprimer32 favorece intervalos para o lado esquerdo da string de parâmetro.
Eprimer32 retornará pares de primers legais no primeiro intervalo, independentemente do valor de
a função objetivo para esses pares. Somente se houver um número insuficiente de
os primers no primeiro intervalo Eprimer32 retornarão os primers em um intervalo subsequente.
Valor padrão: 100-300

-ptmopt flutuar
A temperatura de fusão ideal para o produto de PCR. 0 indica que não há
temperatura ótima. Valor padrão: 0.0

-ptmmin flutuar
A temperatura de fusão mínima permitida do amplicon. Por favor, veja a documentação
sobre a temperatura máxima de fusão do produto para obter detalhes. Valor padrão:
-1000000.0

-ptmmax flutuar
A temperatura máxima de fusão permitida do amplicon. Produto Tm é calculado
usando a fórmula de Bolton e McCarthy, PNAS 84: 1390 (1962), conforme apresentado em
Sambrook, Fritsch e Maniatis, Molecular Cloning, p 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6 (log10 ([Na +])) + 41 * (% GC) - 600 / comprimento Onde [Na +} é o sódio molar
concentração, (% GC) é a porcentagem de Gs e Cs na sequência, e o comprimento é o
comprimento da sequência. Uma fórmula semelhante é usada pela seleção do primer principal
programa em GCG, que em vez disso usa 675.0 / comprimento no último termo (após F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet, e ME Lewis, Methods in Enzymology 168: 766 (1989) eqn (1) em
página 766 sem os termos de incompatibilidade e formamida). As fórmulas aqui e em Baldino
et al. assuma Na + em vez de K +. De acordo com JG Wetmur, críticas críticas em
BioChem. e Mol. Bio. 26: 227 (1991) K + 50 mM deve ser equivalente nestas fórmulas
a 2 M Na +. Eprimer32 usa o mesmo valor de concentração de sal para calcular os
temperatura de fusão do primer e a temperatura de fusão do oligo. Se você está planejando
use o produto de PCR para hibridização mais tarde, este comportamento não lhe dará o Tm
sob condições de hibridização. Valor padrão: 1000000.0

Interno oligo entrada
-oregião excluída alcance
Os oligos intermediários não podem se sobrepor a nenhuma região especificada por esta tag. O valor associado
deve ser uma lista separada por espaço de (início), (final) pares, onde (início) é o índice de
a primeira base de uma região excluída e (fim) é a última. Freqüentemente, um faria
As regiões alvo excluíram as regiões para oligos internos.

-oligoinput corda
A sequência de um oligo interno para verificar e em torno do qual projetar para a frente e
primers reversos. Deve ser uma substring de SEQUENCE.

Interno oligo opções
-osizeopt número inteiro
Comprimento ótimo (em bases) de um oligo interno. Eprimer32 tentará selecionar primers
perto deste comprimento. Valor padrão: 20

-ominize número inteiro
Comprimento mínimo aceitável de um oligo interno. Deve ser maior que 0 e menor que
ou igual a INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Valor padrão: 18

-omaxsize número inteiro
Comprimento máximo aceitável (em bases) de um oligo interno. Atualmente este parâmetro
não pode ser maior que 35. Este limite é regido pelo tamanho máximo do oligo para o qual
A temperatura de fusão do Eprimer32 é válida. Valor padrão: 27

-otmopt flutuar
Temperatura de fusão ótima (Celsius) para um oligo interno. Eprimer32 tentará
escolha oligos com temperaturas de fusão próximas a essa temperatura. O oligo
a fórmula da temperatura de fusão em Eprimer32 é aquela dada em Rychlik, Spencer e Rhoads,
Nucleic Acids Research, vol 18, num 21, pp 6409-6412 e Breslauer, Frank, Bloecker
e Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol 83, pp 3746-3750. Por favor, consulte o
artigo anterior para discussão de fundo. Valor padrão: 60.0

-otmmin flutuar
Temperatura de fusão mínima aceitável (Celsius) para um oligo interno. Valor padrão:
57.0

-otmmax flutuar
Temperatura de fusão máxima aceitável (Celsius) para um oligo interno. Valor padrão:
63.0

-ogcopt flutuar
Por cento GC ótimo do oligo interno. Valor padrão: 50.0

-ogcmin flutuar
Porcentagem mínima permitida de Gs e Cs em um oligo interno. Valor padrão: 20.0

-ogcmax flutuar
Porcentagem máxima permitida de Gs e Cs em qualquer oligo interno gerado pelo Primer.
Valor padrão: 80.0

-saltconc flutuar
A concentração milimolar de sal (geralmente KCl) na hibridização. Eprimer32
usa este argumento para calcular as temperaturas internas de fusão do oligo. Valor padrão:
50.0

-odnaconc flutuar
A concentração nanomolar do oligo interno de recozimento na hibridização. Predefinição
valor: 50.0

-eu mesmo flutuar
A pontuação de alinhamento local máxima permitida ao testar um oligo interno para (local)
auto-complementaridade. Auto-complementaridade local é considerada para prever a tendência de
oligos para recozerem-se O sistema de pontuação dá 1.00 para bases complementares,
-0.25 para uma correspondência de qualquer base (ou N) com um N, -1.00 para uma incompatibilidade e -2.00 para um
Gap = Vão. Apenas intervalos de um único par de bases são permitidos. Por exemplo, o alinhamento 5 'ATCGNA 3'
|| | | 3 'TA-CGT 5' é permitido (e rende uma pontuação de 1.75), mas o alinhamento 5 '
ATCCGNA 3 '|| | | 3 'TA - CGT 5' não é considerado. As pontuações são não negativas e um
pontuação de 0.00 indica que não há alinhamento local razoável entre dois
oligos. Valor padrão: 12.00

-se flutuar
A pontuação de alinhamento global ancorada em 3 'máxima permitida ao testar um único oligo
para auto-complementaridade. O sistema de pontuação é o da Complementaridade Máxima
argumento. Nos exemplos acima, as pontuações são 7.00 e 6.00, respectivamente. Pontuações são
não negativo, e uma pontuação de 0.00 indica que não há uma ancoragem 3 'razoável
alinhamento global entre dois oligos. A fim de estimar o global ancorado em 3 '
alinhamentos para os oligos candidatos, o Primer assume que a sequência a partir da qual escolher
oligos é apresentado de 5 'a 3'. INTERNAL-OLIGO-SELF-END não tem sentido quando aplicado a
oligos internos usados ​​para detecção baseada em hibridização, uma vez que primer-dímero não
ocorrer. Recomendamos que INTERNAL-OLIGO-SELF-END seja definido pelo menos tão alto quanto
INTERNO-OLIGO-AUTO-QUALQUER. Valor padrão: 12.00

-opolyxmax número inteiro
O comprimento máximo permitido de uma repetição de oligo mononucleotídeo interno, por exemplo
AAAAAA. Valor padrão: 5

-omishybmax flutuar
Semelhante a MAX-MISPRIMING, exceto que este parâmetro se aplica à semelhança de
candidatos a oligos internos para a biblioteca especificada em INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Valor padrão: 12.0

Avançado seção
-explicar sinalizador booleano
Se este sinalizador for verdadeiro, produz LEFT-EXPLICAR, RIGHT-EXPLICAR e INTERNAL-OLIGO-EXPLICAR
tags de saída, que se destinam a fornecer informações sobre o número de oligos e
pares de primer que Eprimer32 examinou e estatísticas sobre o número descartado para
Várias razões. Valor padrão: N

-fileflag booleano
Se o valor associado for verdadeiro, o Eprimer32 cria dois arquivos de saída para cada
insira a SEQUÊNCIA. Arquivo (sequência-id) .for lista todos os primers de encaminhamento aceitáveis ​​para
(sequência-id) e (sequência-id) .rev lista todos os iniciadores reversos aceitáveis ​​para
(sequência-id), onde (sequência-id) é o valor da marca SEQUENCE-ID (que deve ser
fornecido). Além disso, se a tag de entrada TASK for 1 ou 4, o Eprimer32 produz um arquivo
(sequência-id) .int, que lista todos os oligos internos aceitáveis. Valor padrão: N

-índice de primeira base número inteiro
Este parâmetro é o índice da primeira base na sequência de entrada. Para entrada e
saída usando a indexação baseada em 1 (como a usada no GenBank e para a qual muitos usuários
estão acostumados) defina este parâmetro como 1. Para entrada e saída usando indexação baseada em 0
defina este parâmetro como 0. (Este parâmetro também afeta os índices no conteúdo de
os arquivos produzidos quando o sinalizador do arquivo primer é definido.) Valor padrão: 1

-escolher assim mesmo booleano
Se for verdadeiro, escolha um par de primer mesmo se LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT ou INTERNAL-OLIGO-INPUT
viola restrições específicas. Valor padrão: N

-maxmispriming flutuar
A semelhança ponderada máxima permitida com qualquer sequência em MISPRIMING-LIBRARY.
Valor padrão: 12.00

-pairmaxmispriming flutuar
A soma máxima permitida de semelhanças ponderadas de um par de primer (uma semelhança para
cada primer) com qualquer sequência única na MISPRIMING-BIBLIOTECA. Valor padrão: 24.00

-numnsaceito número inteiro
Número máximo de bases desconhecidas (N) permitidas em qualquer primer.

-selfany flutuar
A pontuação de alinhamento local máxima permitida ao testar um único primer para (local)
auto-complementaridade e a pontuação de alinhamento local máxima permitida ao testar
complementaridade entre primers direto e reverso. Auto-complementaridade local é
tomadas para prever a tendência dos primers de se recozerem, sem necessariamente
causando auto-priming no PCR. O sistema de pontuação dá 1.00 para complementares
bases, -0.25 para uma correspondência de qualquer base (ou N) com um N, -1.00 para uma incompatibilidade e -2.00
para uma lacuna. Apenas intervalos de um único par de bases são permitidos. Por exemplo, o alinhamento 5 '
ATCGNA 3 '... || | | 3 'TA-CGT 5' é permitido (e rende uma pontuação de 1.75), mas o
alinhamento 5 'ATCCGNA 3' ... || | | 3 'TA - CGT 5' não é considerado. Pontuações são
não negativo, e uma pontuação de 0.00 indica que não há um local razoável
alinhamento entre dois oligos. Valor padrão: 8.00

-entendendo flutuar
A pontuação de alinhamento global ancorada em 3 'máxima permitida ao testar um único primer
para auto-complementaridade, e a pontuação de alinhamento global ancorada em 3 'máxima permitida
ao testar a complementaridade entre primers direto e reverso. 3 'ancorado
pontuação de alinhamento global é tomada para prever a probabilidade de priming PCR
primer-dímeros, por exemplo 5 'ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' ............. ||| |||||
.......... 3 'AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' ou 5 'AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
............... |||||| ............ 3 'AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' O sistema de pontuação é tão
para o argumento da Complementaridade Máxima. Nos exemplos acima, as pontuações são 7.00
e 6.00 respectivamente. As pontuações não são negativas e uma pontuação de 0.00 indica que
não há alinhamento global ancorado em 3 'razoável entre dois oligos. Em ordem de
estimar alinhamentos globais ancorados em 3 'para primers candidatos e pares de primers, Primer
assume que a sequência a partir da qual escolher os iniciadores é apresentada de 5 'a 3'. Isto é
absurdo fornecer um valor maior para este parâmetro do que para o Máximo (local)
Parâmetro de complementaridade porque a pontuação de um alinhamento local estará sempre em
menos tão grande quanto a pontuação de um alinhamento global. Valor padrão: 3.00

- correção Lista
Especifica a fórmula de correção de sal para o cálculo da temperatura de fusão. Padrão
valor: 1

-tmfórmula Lista
Especifica os detalhes do cálculo da temperatura de fusão. Valor padrão: 1

Cartilha pena pesos
-maxendestabilidade flutuar
A estabilidade máxima para as cinco bases de 3 'de um primer direto ou reverso. Maior
números significam extremidades 3 'mais estáveis. O valor é o delta G máximo para duplex
interrupção para as cinco bases 3 ', calculada usando os parâmetros do vizinho mais próximo
publicado em Breslauer, Frank, Bloecker e Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. EUA, vol 83,
pp 3746-3750. Eprimer32 usa um valor padrão completamente permissivo para versões anteriores
compatibilidade (que podemos mudar na próxima versão). Rychlik recomenda um máximo
valor de 9 (Wojciech Rychlik, 'Selection of Primers for Polymerase Chain Reaction' in
BA White, Ed., 'Methods in Molecular Biology, Vol. 15: Protocolos de PCR: métodos atuais
e Applications ', 1993, pp 31-40, Humana Press, Totowa NJ). Valor padrão: 9.0

saída seção
-arquivo de saída arquivo de saída

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