Este é o comando fa2dna que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
fa2dna - banco de dados fasta em formato para uso com ANFO
SINOPSE
fa2dna [ opção | lima ... ]
DESCRIÇÃO
fa2dna lê um ou mais arquivos em formato fasta e os reformata em um banco de dados adequado
para anfo(1). Os arquivos de entrada podem conter mais de uma sequência, e cada sequência pode
ser dividido em vários contigs por um trecho de Ns. Todos os códigos de ambigüidade IUPAC são
totalmente suportado.
OPÇÕES
-V, --versão
Imprime o número da versão e sai.
-o arquivo, --output arquivo
Grave a saída para lima.lima deve terminar em .dna, Porque anfo e alguns a jusante
ferramentas podem tropeçar em uma extensão diferente. O padrão é o nome do genoma com
que o .dna extensão.
-m N, --maxn N
Define o número máximo de Ns devem ser interpretados como códigos de ambigüidade IUPAC para N; algum
alongamento mais longo é interpretado como separação de contigs. O padrão é 2.
-g nome, --nome genoma
Define o nome do genoma para nome. Este nome é armazenado no arquivo de saída e será
utilizado pelo anfo para identificar o genoma compatível em sua saída. O genoma deve ser um
prefixo do nome do arquivo de saída para permitir que as ferramentas downstream o encontrem. O nome
deve ser curto, mas único, algo como "hg18" ou "pt2" para humanos ou chimpanzés
genomas funcionariam bem.
-d texto, --descrição texto
Adiciona texto como descrição para os metadados. Isso é puramente informativo.
-v, --verboso
Faz com que um indicador de progresso seja impresso.
Use fa2dna online usando serviços onworks.net
