fastaq-filter - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

fastaq_filter - Filtre as sequências para obter um subconjunto delas

DESCRIÇÃO

uso: fastaq_filter [opções]

Filtra um arquivo de sequência por comprimento de sequência e / ou por nome que corresponde a uma expressão regular

posicional argumentos:
infile Nome do arquivo de entrada a ser filtrado

arquivo de saída
Nome do arquivo de saída

opcional argumentos:
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia

--min_length INT
Comprimento mínimo de sequência para manter [0]

--comprimento máximo INT
Comprimento máximo da sequência a ser mantida [inf]

--regex REGEX
Se fornecido, apenas as leituras com um nome que corresponda à expressão regular serão mantidas

--ids_file NOME DO ARQUIVO
Se fornecido, apenas as leituras cujo ID está no arquivo fornecido serão usadas. Um ID por linha de
arquivo.

-v, --invertido
Mantenha apenas sequências que não correspondam aos filtros

companheiro lima para ler pares opções:
--mate_in NOME DO ARQUIVO
Nome do arquivo de entrada dos companheiros. Se usado, também deve fornecer --mate_out

--mate_out NOME DO ARQUIVO
Nome do arquivo de saída dos companheiros

--both_mates_pass
Por padrão, se um dos mate passar no filtro, ambos lêem a saída. Use esta bandeira para
requer que ambas as leituras de um par passem pelo filtro

Use o filtro fastaq online usando os serviços onworks.net