featureCounts - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

featureCounts - um programa de resumo de leitura altamente eficiente e preciso

USO

featureCounts [opções] -a -o input_file1 [input_file2]
...

Argumentos necessários:

-a
Nome de um arquivo de anotação. Formato GTF por padrão. Ver -F opção para mais formatos.

-o
Nome do arquivo de saída incluindo contagens de leitura. Um arquivo separado incluindo resumo
estatísticas de resultados de contagem também estão incluídas na saída (` .resumo')

arquivos_de_entrada
Lista de arquivos de entrada no formato BAM ou SAM. Os usuários não precisam especificar se é BAM ou
SENTADO.

Argumentos opcionais:

-A
Nome de um arquivo delimitado por vírgulas, incluindo nomes de alias de cromossomos usados ​​para corresponder
nomes de cromossomos usados ​​na anotação com aqueles usados ​​na entrada BAM / SAM, se eles forem
diferente. Consulte o Guia do usuário para obter o formato do arquivo.

-F
Especifique o formato do arquivo de anotação fornecido. Os formatos aceitáveis ​​incluem `GTF 'e
`SAF '. `GTF 'por padrão. Consulte o Guia do usuário para obter a descrição do formato SAF.

-t
Especifique o tipo de recurso na anotação GTF. `exon 'por padrão. Recursos usados ​​para leitura
a contagem será extraída da anotação usando o valor fornecido.

-g
Especifique o tipo de atributo na anotação GTF. `gene_id 'por padrão. Meta-recursos usados
para leitura, a contagem será extraída da anotação usando o valor fornecido.

-f Realize a contagem de leituras no nível do recurso (por exemplo, contando leituras para exons ao invés de
genes).

-O Atribuir leituras a todos os seus meta-recursos sobrepostos (ou recursos se -f is
Especificadas).

-s
Realize a contagem de leitura específica da fita. Valores possíveis: 0 (não preso), 1
(encalhado) e 2 (encalhado reversamente). 0 por padrão.

-M As leituras de mapeamento múltiplo também serão contadas. Para uma leitura de multimapeamento, todos os
alinhamentos serão contados. A tag `NH 'na entrada BAM / SAM é usada para detectar
leituras de múltiplos mapeamentos.

-Q
A pontuação mínima de qualidade de mapeamento que uma leitura deve satisfazer para ser contada. Para
leituras de extremidades emparelhadas, pelo menos uma extremidade deve satisfazer este critério. 0 por padrão.

-T
Número de threads. 1 por padrão.

-v Versão de saída do programa.

-J Contar o número de leituras que suportam cada junção exon-exon. Junções eram
identificados a partir dessas leituras de extensão de exon na entrada (contendo 'N' no CIGAR
fragmento). Os resultados da contagem são salvos em um arquivo chamado ' .jcounts '

-G
O arquivo Fasta contendo o genoma de referência usado na geração do SAM de entrada ou
Arquivos BAM. Este argumento é necessário apenas ao fazer a contagem de junções.

-R Resultado da atribuição detalhada de saída para cada leitura. Um arquivo de texto será gerado para
cada arquivo de entrada, incluindo nomes de leituras e leituras de meta-recursos / recursos foram
atribuído a. Consulte o Guia do usuário para obter mais detalhes.

--maiorSobreposição
Atribuir leituras a um meta-recurso / recurso que tem o maior número de sobreposições
Fundamentos.

--minOverlap
Especifique o número mínimo de bases sobrepostas necessárias entre uma leitura e uma
meta-recurso / recurso ao qual a leitura é atribuída. 1 por padrão.

--read2pos <5:3>
Reduza as leituras para 5 'mais base ou 3' mais base. A contagem de leitura é então realizada
com base na base única, a leitura é reduzida.

--readExtensão5 As leituras são estendidas upstream por bases de seus
5 'final.

--readExtensão3 As leituras são estendidas upstream por bases de seus
3 'final.

--fração
Use uma contagem fracionária 1 / n, em vez de 1 (uma) contagem, para cada alinhamento relatado
de um multi-mapeamento lido na contagem de leituras. n é o número total de alinhamentos relatados
para a leitura de mapeamento múltiplo. Esta opção deve ser usada junto com a opção '-M'.

--primário
Conte apenas os alinhamentos primários. Os alinhamentos primários são identificados usando o bit 0x100 em
Campo SAM / BAM FLAG.

--ignoreDup
Ignore leituras duplicadas na contagem de leituras. Leituras duplicadas são identificadas usando bit
Ox400 no campo BAM / SAM FLAG. Todo o par de leitura é ignorado se uma das leituras for
uma leitura duplicada para dados finais emparelhados.

--countSplitAlignmentsOnly Contar alinhamentos de divisão apenas (ou seja, alinhamentos com
String CIGAR contendo `N '). Um exemplo de alinhamentos divididos são as leituras de extensão de exon
em dados de RNA-seq.

-p Conte fragmentos (pares de leitura) em vez de leituras individuais. Para cada par de leitura, é
duas leituras devem ser adjacentes uma à outra na entrada BAM / SAM.

-P Verifique a validade da distância da extremidade emparelhada ao contar os pares de leitura. Usar -d e -D para
definir limites.

-d
Comprimento mínimo do fragmento / modelo, 50 por padrão.

-D
Comprimento máximo do fragmento / modelo, 600 por padrão.

-B Conte os pares de leitura que têm apenas as duas extremidades alinhadas com êxito.

-S
Especifique a orientação de duas leituras do mesmo par, 'fr' por padrão
(para frente reverso).

-C Não conte pares de leitura que têm suas duas extremidades mapeadas para cromossomos diferentes
ou mapeamento para o mesmo cromossomo, mas em fitas diferentes.

--donotsort
Não classifique as leituras na entrada BAM / SAM. Observe que as leituras do mesmo par são necessárias
para estar localizado um ao lado do outro na entrada.

--maxMOp
Número máximo de operações 'M' permitidas em uma string CIGAR. 10 por padrão. Ambos
'X' e '=' são tratados como 'M' e as operações adjacentes 'M' são mescladas no CIGAR
string.

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