Este é o comando fpromlke que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
fpromlk - Filogenia de proteínas por máxima verossimilhança
SINOPSE
fpromlk -seqüência seqsetall -intreefile árvore [-categorias número inteiro] -avaliar ordem
-categorias Propriedades [-pesos Propriedades] -comprimentos booleano [modelo Lista]
[-gama Lista] -gamacoeficiente flutuar -ngammacat número inteiro -invarcoeficiente flutuar
-ninvarcat número inteiro -invarfrac flutuar -nhmmcategorias número inteiro -hmmtaxas ordem
-hmmprobabilidades ordem -adjsite booleano -lambda flutuar -njumble número inteiro
-semente número inteiro -global booleano [-outgro número inteiro] -arquivo de saída arquivo de saída [-truta alternancia]
-outtreefile arquivo de saída [-imprimir dados booleano] [-progresso booleano] [-impressão de árvore booleano]
[-hipstate booleano]
fpromlk -Socorro
DESCRIÇÃO
fpromlk é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Filogenia: Sequência molecular".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência seqsetall
Arquivo contendo um ou mais alinhamentos de sequência
-intreefile árvore
-categorias número inteiro
Valor padrão: 1
-avaliar ordem
-categorias Propriedades
-pesos Propriedades
Adicional seção
-comprimentos booleano
Valor padrão: N
modelo Lista
Valor padrão: Jones-Taylor-Thornton
-gama Lista
Valor padrão: n
-gamacoeficiente flutuar
Valor padrão: 1
-ngammacat número inteiro
Valor padrão: 1
-invarcoeficiente flutuar
Valor padrão: 1
-ninvarcat número inteiro
Valor padrão: 1
-invarfrac flutuar
Valor padrão: 0.0
-nhmmcategorias número inteiro
Valor padrão: 1
-hmmtaxas ordem
Valor padrão: 1.0
-hmmprobabilidades ordem
Valor padrão: 1.0
-adjsite booleano
Valor padrão: N
-lambda flutuar
Valor padrão: 1.0
-njumble número inteiro
-semente número inteiro
Valor padrão: 1
-global booleano
Valor padrão: N
-outgro número inteiro
saída seção
-arquivo de saída arquivo de saída
-truta alternancia
Valor padrão: Y
-outtreefile arquivo de saída
-imprimir dados booleano
Valor padrão: N
-progresso booleano
Valor padrão: Y
-impressão de árvore booleano
Valor padrão: Y
-hipstate booleano
Valor padrão: N
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