Este é o comando gaeval que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gaeval - calcula a cobertura e pontuações de intergridade para modelos genéticos com base na transcrição
alinhamentos
SINOPSE
Gaeval [opções] alinhamentos.gff3 genes.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIÇÃO
Opções básicas:
-h| --ajuda
imprima esta mensagem de ajuda e saia
-v| --version
imprimir o número da versão e sair
Pesos para calcular a pontuação de integridade (deve somar 1.0):
-a| --alpha: DOUBLE
íntrons confirmados, ou porcentagem de comprimento de CDS esperado para genes de exon único; o padrão é 0.6
-b| --beta: DOUBLE
cobertura de exon; o padrão é 0.3
-g| --gamma: DOUBLE
% espera 5 'comprimento UTR; o padrão é 0.05
-e| --epsilon: DOUBLE
% espera 3 'comprimento UTR; o padrão é 0.05
Comprimentos de recurso esperados para calcular a pontuação de integridade:
-c| --exp-cds: INT
comprimento de CDS esperado (em bp); o padrão é 400
-5| --exp-5putr: INT
comprimento esperado de 5 'UTR; o padrão é 200
-3| --exp-3putr: INT
comprimento esperado de 3 'UTR; o padrão é 100
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