Este é o comando gap5 que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gap5 - Programa de montagem do genoma (parte do pacote staden)
SINOPSE
gap5 [-ro] [-max seq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [DATABASE_NAME.V]
DESCRIÇÃO
Gap5 é um programa de montagem do genoma. O programa contém todas as ferramentas que seriam
esperado de um programa de montagem além de muitos recursos exclusivos e um muito fácil de usar
interface. A versão original foi descrita em Bonfield, JK, Smith, KF e Staden, R. UMA
novo programa de montagem de sequência de DNA. Nucleic Acids Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 é muito grande e poderoso. Todo mundo emprega um subconjunto de opções e tem seu
forma favorita de acessá-los e utilizá-los. Embora haja muito disso, os usuários são
encorajado a percorrer toda a documentação uma vez, apenas para descobrir o que é
possível, e da forma que melhor se adequa ao seu próprio trabalho. No mínimo, tudo isso
O capítulo introdutório deve ser lido, pois, a longo prazo, economizará tempo.
OPÇÕES
-ro Somente leitura
-max seq N
Comprimento total do consenso inicial máximo
-maxdb N
Número máximo inicial de contigs + leituras
- (não_) verificar
(Não) execute a verificação do banco de dados ao abrir o banco de dados
- (no_) exec_notes
(Não) execute notas OPEN / CLOS após a abertura do banco de dados
- (no_) rawdata_note
(Não) use RAWD note em vez de RAWDATA env. variável
- (no_) csel
(Não) inicie o seletor de contig ao abrir o banco de dados
-exibição
X Display para usar
-tamanho de bits N
Especifica o tamanho do bit do arquivo aux para novos bancos de dados (32/64)
-sincronizar Use o modo síncrono para o servidor de exibição (depuração)
-- Fim da lista de argumentos
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