gdcm2vtk - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gdcm2vtk - Converte um arquivo suportado por VTK em DICOM.

SINOPSE

gdcm2vtk [opções] arquivo de entrada de arquivo de saída

DESCRIÇÃO

A gdcm2vtk toma como entrada qualquer arquivo suportado por VTK (incluindo arquivo DICOM) e irá
gerar como saída um arquivo DICOM.

PARÂMETROS

nome do arquivo de entrada de arquivo (DICOM ou VTK compatível)

nome do arquivo de saída de saída (DICOM ou VTK com suporte)

OPÇÕES

específico opções
- redimensionamento de força redimensionamento de força.
- espaçamento de força de espaçamento de força.
--palette-color quando suportado gera um arquivo PALETTE COLOR.
--argb quando suportado gera um arquivo ARGB.
--compress quando suportado gera um arquivo compactado.
--use-vtkdicom Use vtkDICOMImageReader (em vez de GDCM).
--modality set Modalidade.
--inferior esquerdo definido inferior esquerdo.
- shift set shift.
--escala do conjunto de escala.
--compress conjunto de compressão (MetaIO).
-T --study-uid Estudo UID.
-S --series-uid Série UID.
--root-uid UID de raiz.

compressão opções
-J --jpeg Comprime a imagem em jpeg.
-K --j2k Compacta a imagem em j2k.
-L --jpegls Compacta a imagem em jpeg-ls.
-R --rle Comprime a imagem em rle (somente sem perdas).

geral opções
-h --ajuda
imprima este texto de ajuda e saia

-v --versão
imprimir informações da versão e sair

-V --verboso
modo detalhado (aviso + erro).

-W - advertência
modo de aviso, imprimir informações de aviso

-E --erro
modo de erro, imprimir informações de erro

-D --depurar
modo de depuração, imprimir informações de depuração

meio Ambiente variável
GDCM_ROOT_UID UID de raiz

DESCRIÇÃO

Converta um arquivo compatível com VTK em DICOM.

O uso típico é:

$ gdcm2vtk arquivo de entrada output.dcm

Ele usa o mecanismo interno de fábrica do VTK para reconhecer um arquivo (função CanRead). Ver
Arquivo com suporte VTK aqui:

Quais formatos de arquivo de imagem o VTK pode ler e gravar? http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ# What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F

Se o seu arquivo de entrada tiver 4 componentes, o 4º comp (alfa) será removido da saída
o arquivo DICOM não suporta mais o componente alfa (consulte a opção –argb).

Cuidado especial foi tomado para o seguinte formato de arquivo:

1. DICOM: os cossenos de direção e vtkMedicalImageInformation são passados ​​para a saída
2. BMP: O arquivo pode ser salvo com uma Tabela de Consulta (ver --paleta-cor)
3. GE Signa: vtkMedicalImageProperties é passado para a saída
4. MINC: Os cossenos de direção são passados ​​para a saída
5. TIFF: vtkTIFFReader está atualmente em mau estado no VTK (comportamento diferente no VTK 5.2 e git / master). Use-o apenas se souber o que está fazendo.

CONVERTER MetaImagem (mhd, mha)
$ gdcm2vtk arquivo de entrada output.mha

Este comando converterá o arquivo DICOM de entrada: inputfile em um arquivo MetaImage .mha. Mesmo
vai para o arquivo .mhd.

CONVERTER MHA / MHD
$ gdcm2vtk arquivo de entrada output.mha

or

$ gdcm2vtk arquivo de entrada output.mhd

Este comando irá converter o arquivo DICOM de entrada: inputfile em um MetaImageData .mha / .mhd
arquivo.

CONVERTER Vti
$ gdcm2vtk arquivo de entrada output.vti

Este comando converterá o arquivo DICOM de entrada: inputfile em um XML VTK ImageData .vti
arquivo.

CONVERTER VTK
$ gdcm2vtk arquivo de entrada output.vtk

Este comando irá converter o arquivo DICOM de entrada: arquivo de entrada em um antigo VTK Estruturado
Arquivo PointSets .vtk.

CONVERTER DICOM

$ gdcm2vtk entrada.dcm saída.dcm

vtkGDCMImageReader será usado para ler um arquivo DICOM, não o padrão
vtkDICOMImageReader. Consulte a opção –use-vtkdicom para usar vtkDICOMImageReader.

IDA E VOLTA DICOM TO MHD TO DICOM

$ gdcm2vtk entrada_ybr.dcm saída.mhd
$ gdcm2vtk --modality US --imageformat 7 saída.mhd saída.dcm

A seção anterior mostra como converter um DICOM usando a Interpretação Fotométrica de
YBR_FULL (ou mesmo YBR_FULL_422 com perdas) em outro formato de arquivo: MetaImage (mhd). Desde a
este formato de arquivo não lida com espaço de cor, temos que defini-lo explicitamente usando o
–Imageformat opção de linha de comando. A opção de linha de comando –modality é necessária neste
caso, uma vez que a família padrão de classe de armazenamento de imagem de captura secundária não permite YBR
Interpretação fotométrica.

GDCM2VTK NOTAS

NOTA IMPORTANTE: A estrutura VTK interna será preenchida a partir da entrada DICOM, e então
passe para o gravador DICOM de saída. Algumas informações podem ser perdidas durante a conversão
DICOM para VTK para DICOM. Esta opção é usada principalmente para testar o
Combinação vtkGDCMImageReader / vtkGDCMImageWriter.

NOTA IMPORTANTE: Ao converter de um formato com perdas, como JPEG, as informações de
perda é importante. O DICOM de saída conterá a imagem com perdas necessária
Atributo de compactação que indica que a imagem foi compactada com perdas em algum lugar ao longo do
pipeline. Veja também gdcmimg (melhor manuseio de JPEG em geral).

NOTA IMPORTANTE: Ao usar –use-vtkdicom, o arquivo DICOM de saída será sempre escrito como
Armazenamento de imagens MR, pois essas informações não estão disponíveis no próprio leitor. Isso permite
definir a orientação da imagem (paciente) corretamente.

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