genome-music-bmr-calc-wig-covgp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

genoma music bmr calc-wig-covg - Contagem de bases cobertas por gene para cada faixa wiggle fornecida
arquivo de formato.

VERSÃO

Este documento descreve a música genoma bmr calc-wig-covg versão 0.04 (2016-01-01 em
23:10:18)

SINOPSE

música genoma bmr calc-wig-covg --roi-file =? --reference-sequence =? --wig-list =?
--output-dir =?

Uso geral:

... música bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir / wig_list \
--output-dir output_dir / \
--reference-sequence input_dir / all_sequences.fa \
--roi-file input_dir / all_coding_exons.tsv

É REQUERIDO ARGUMENTOS

arquivo roi Texto
Lista delimitada por tabulação de ROIs [chr start stop gene_name] (ver descrição)

sequência de referência Texto
Caminho para a sequência de referência no formato FASTA

lista de perucas Texto
Lista delimitada por tabulação de arquivos WIG [sample_name wig_file] (ver descrição)

diretório de saída Texto
Diretório onde os arquivos de saída e subdiretórios serão gravados

DESCRIÇÃO

Este script conta bases com cobertura suficiente nas ROIs de cada gene de determinado
wiggle arquivos de formato de trilha e os categoriza em contagens - AT, CG (não CpG) e CpG.
Ele também adiciona essas contagens de base em todas as ROIs de cada gene para cada amostra, mas
bases cobertas que se encontram em ROIs sobrepostas não são contadas mais de uma vez para
essas contagens totais.

ARGUMENTOS

--roi-arquivo
As regiões de interesse (ROIs) de cada gene são normalmente regiões direcionadas para
sequenciamento ou são loci exon mesclados (de múltiplos transcritos) de genes com 2 bp
flancos (junções de emenda). Para contagens de base por gene, uma base sobreposta será
contado cada vez que aparece em uma ROI do mesmo gene. Para evitar isso, certifique-se de
fundir ROIs sobrepostas do mesmo gene. MergeBed do BEDtools pode ajudar se usado
por gene.
- seqüência de referência
A sequência de referência no formato FASTA. Se um índice de sequência de referência não for encontrado
próximo a este arquivo (um arquivo .fai), ele será criado.
--lista de perucas
Fornece um arquivo contendo nomes de amostra e os locais de arquivo de formato de faixa de movimento para
cada. Use o formato delimitado por tabulação [sample_name wig_file] por linha. Colunas adicionais
como dados clínicos são permitidos, mas ignorados. O sample_name deve ser o mesmo que o
nomes de amostras de tumor usados ​​no arquivo MAF (16ª coluna, com o cabeçalho
Tumor_Sample_Barcode).
--diretório de saída
Especifique um diretório de saída onde o seguinte será criado / escrito: roi_covgs:
Subdiretório contendo contagens de base cobertas por ROI para cada amostra. gene_covgs:
Subdiretório contendo contagens de base cobertas por gene para cada amostra. total_covgs:
Arquivo contendo as coberturas gerais não sobrepostas por amostra.

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