Este é o comando glam2-purge que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
glam2-purge - Remove sequências redundantes de um arquivo FASTA
SINOPSE
glam2-purgar lima Ponto [opções]
DESCRIÇÃO
glam2-purgar é uma versão modificada de Andrew Neuwald purga programa que remove redundantes
sequências de um arquivo FASTA. Isso é recomendado a fim de evitar altamente semelhantes
sequências distorcendo a busca por motivos. Purge funciona com DNA ou proteína
sequencia e cria um arquivo de saída de forma que duas sequências não tenham um local (sem intervalos)
pontuação de alinhamento maior que um limite especificado pelo usuário. O arquivo de saída é nomeado
. . A pontuação de alinhamento é baseada na matriz BLOSUM62 para proteínas e em um
Esquema de pontuação + 5 / -1 para DNA. A purga também pode ser usada para mascarar as repetições tandem. Usa o
Programa XNU para este propósito.
OPÇÕES
-n
As sequências são DNA (padrão: proteína).
-b
Use o método heurístico de explosão (padrão para proteína).
-e
Use um método exaustivo (padrão para DNA).
-q
Mantenha a primeira sequência do conjunto.
-x
Use xnu para mascarar as repetições em tandem de proteínas.
Use glam2-purge online usando serviços onworks.net