Este é o comando gmx-dyndom que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-dyndom - Interpolar e extrapolar rotações de estrutura
SINOPSE
gmx dinamismo [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc / .trr / ...>]]
[-primeiro ângulo ] [-último ângulo ] [-nframe ]
[-maxângulo ] [-trans ] [-cabeça ]
[-rabo ]
DESCRIÇÃO
gmx dinamismo lê um .pdb saída de arquivo do DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/) Isto
lê as coordenadas, as coordenadas do eixo de rotação e um arquivo de índice contendo
os domínios. Além disso, leva o primeiro e o último átomo do arquivo de seta como comando
argumentos de linha (início e fim) e, finalmente, leva o vetor de tradução (dado em
Arquivo de informação DynDom) e o ângulo de rotação (também como argumentos de linha de comando). Se o ângulo
determinado por DynDom é dado, deve-se ser capaz de recuperar a segunda estrutura usada para
gerando a saída DynDom. Devido à precisão numérica limitada, isso deve ser
verificado pelo cálculo de um RMSD de todos os átomos (usando gmx confrma) em vez de comparação de arquivo
(usando diff).
O objetivo deste programa é interpolar e extrapolar a rotação encontrada por
DynDom. Como resultado, estruturas não físicas com ligações longas ou curtas, ou átomos sobrepostos
pode ser produzido. A inspeção visual e a minimização de energia podem ser necessárias para validar
a estrutura.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Arquivo de banco de dados de proteínas
-n [<.ndx>] (domínios.ndx)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (girado.xtc)
Trajetória: xtc tr gro g96 pdb tng
Outras opções:
-primeiro ângulo (0)
Ângulo de rotação sobre o vetor de rotação
-último ângulo (0)
Ângulo de rotação sobre o vetor de rotação
-nframe (11)
Número de etapas no caminho
-maxângulo (0)
Ângulo determinado de rotação DymDom sobre o vetor de rotação
-trans (0)
Translação (Angstrom) ao longo do vetor de rotação (consulte o arquivo de informação DynDom)
-cabeça (0 0 0)
Primeiro átomo do vetor seta
-rabo (0 0 0)
Último átomo do vetor de seta
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