gmx-eneconv - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-eneconv - Converter arquivos de energia

SINOPSE

gmx eneconv[-f [<.edr> [...]]] [-o [<.edr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-Deslocamento ] [- [sem] tempo de ajuste] [- [sem] classificação]
[- [não] rmdh] [-scaleface ] [- [sem] erro]

DESCRIÇÃO

Com o múltiplo arquivos especificado para o -f opção:

Concatena vários arquivos de energia em ordem classificada. No caso de prazos duplos, o
um no arquivo posterior é usado. Especificando -definir tempo você será questionado sobre a hora de início
de cada arquivo. Os arquivos de entrada são retirados da linha de comando, de modo que o comando gmx
eneconv -f * .edr -o fixo.edr deve fazer o truque.

Com o um lima especificado para -f:

Lê um arquivo de energia e grava outro, aplicando o -DT, -Deslocamento, -t0 e -definir tempo
opções e convertendo para um formato diferente, se necessário (indicado por extensões de arquivo).

-definir tempo é aplicado primeiro, então -DT/-Deslocamento seguido -b e -e para selecionar quais quadros
para escrever.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.edr> [...]] (ener.edr)
Arquivo de energia

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.edr>] (fixo.edr)
Arquivo de energia

Outras opções:

-b (-1)
Primeira vez de usar

-e (-1)
Última vez para usar

-DT (0)
Somente escreva o quadro quando t MOD dt = deslocamento

-Deslocamento (0)
Deslocamento de tempo para -DT opção

- [sem] tempo de ajuste (no)
Alterar o horário de início de forma interativa

- [sem] classificação (sim)
Classificar arquivos de energia (não quadros)

- [não] rmdh (no)
Remova os dados do bloco de energia livre

-scaleface (1)
Multiplique o componente de energia por este fator

- [sem] erro (sim)
Pare em caso de erros no arquivo

CONHECIDO QUESTÕES

· Ao combinar trajetórias, o sigma e E ^ 2 (necessário para estatísticas) não são atualizados
corretamente. Apenas a energia real está correta. Portanto, é necessário computar estatísticas em
de outra maneira.

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