gmx-insert-molecule - On-line na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-insert-molecule - Inserir moléculas em vagas existentes

SINOPSE

moléculas de inserção gmx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-esta [<.gro / .g96 / ...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-caixa ]
[-nmol ] [-Experimente ] [-semente ]
[-raio ] [-escala ] [-dr. ]
[-podridão ]

DESCRIÇÃO

gmx moléculas de inserção inserções -nmol cópias do sistema especificado no -esta Arquivo de entrada.
As inserções ocorrem no espaço vazio na conformação do soluto dada com
-f, ou em uma caixa vazia dada por -caixa. Especificando ambos -f e -caixa se comporta como -f, mas
coloca uma nova caixa ao redor do soluto antes das inserções. Quaisquer velocidades presentes são
descartado.

Por padrão, as posições de inserção são aleatórias (com semente inicial especificada por -semente). O
o programa itera até -nmol moléculas foram inseridas na caixa. As moléculas não são
inserido onde a distância entre qualquer átomo existente e qualquer átomo do
molécula é menor que a soma baseada nos raios de van der Waals de ambos os átomos. Um banco de dados
(vdwradii.dat) de raios de van der Waals é lido pelo programa, e os raios resultantes
dimensionado por -escala. Se os raios não forem encontrados no banco de dados, esses átomos são atribuídos ao
distância (pré-escalonada) -raio.

Um total de -nmol * -Experimente as tentativas de inserção são feitas antes de desistir. Aumentar -Experimente se você
tem vários pequenos orifícios para preencher. Opção -podridão especifica se as moléculas de inserção
são orientados aleatoriamente antes das tentativas de inserção.

Alternativamente, as moléculas podem ser inseridas apenas nas posições definidas em position.dat
(-ip) Esse arquivo deve ter 3 colunas (x, y, z), que dão os deslocamentos em comparação com
a posição da molécula de entrada (-esta) Portanto, se esse arquivo deve conter o absoluto
posições, a molécula deve ser centrada em (0,0,0) antes de usar gmx moléculas de inserção
(por exemplo, de gmx editarconf -Centro) Os comentários nesse arquivo que começam com # são ignorados.
Opção -dr. define os deslocamentos máximos permitidos durante as tentativas de inserção. -Experimente e
-podridão funcionam como no modo padrão (veja acima).

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.gro / .g96 / ...>] (proteína.gro) (Opcional)
Configuração existente para inserir em: gro g96 pdb bre ent esp tpr

-esta [<.gro / .g96 / ...>] (inserir.gro)
Configuração para inserir: gro g96 pdb bre ent esp tpr

-ip [<.dat>] (position.dat) (Opcional)
Posições de teste de inserção predefinidas

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.gro / .g96 / ...>] (fora.gro)
Configuração de saída após inserção: gro g96 pdb bre ent esp

Outras opções:

-caixa (0 0 0)
Tamanho da caixa (em nm)

-nmol (0)
Número de moléculas extras para inserir

-Experimente (10)
Tente inserir -nmol vezes -Experimente vezes

-semente (1997)
Semente do gerador aleatório

-raio (0.105)
Distância de van der Waals padrão

-escala (0.57)
Fator de escala para multiplicar os raios de Van der Waals do banco de dados em
compartilhar / gromacs / top / vdwradii.dat. O valor padrão de 0.57 produz densidade próxima a
1000 g / l para proteínas em água.

-dr. (0 0 0)
Deslocamento permitido em x / y / z das posições em -ip lima

-podridão
Gire as moléculas inseridas aleatoriamente: xyz, z, nenhuma

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