gmx-polystat - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-polystat - Calcula propriedades estáticas de polímeros

SINOPSE

polistato gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-você ]
[-[agora] [-xvg ] [- [não] mw] [- [não] pc]

DESCRIÇÃO

gmx polistato plota propriedades estáticas de polímeros em função do tempo e imprime o
média.

Por padrão, ele determina a distância média ponta a ponta e os raios de giro de
polímeros. Ele pede um grupo de índice e o divide em moléculas. O fim a fim
a distância é então determinada usando o primeiro e o último átomo no grupo de índice para cada
moléculas. Para o raio de giração, o total e os três componentes principais para
o tensor de giro médio é escrito. Com opção -v os autovetores são escritos.
com a opção -pc também os autovalores médios dos tensores de giro individuais são
escrito. Com opção -i as distâncias internas quadradas médias são escritas.

com a opção -p o comprimento de persistência é determinado. O grupo de índice escolhido deve
consistem em átomos que estão consecutivamente ligados nas cadeias principais do polímero. A persistência
comprimento é então determinado a partir do cosseno dos ângulos entre as ligações com um índice
diferença que é par, os pares ímpares não são usados, porque backbones de polímero retos
são geralmente todos trans e, portanto, apenas cada segunda ligação é alinhada. O comprimento de persistência
é definido como o número de títulos onde o cos médio atinge um valor de 1 / e. Este ponto é
determinado por uma interpolação linear de log ( )

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-v [<.xvg>] (polivec.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-p [<.xvg>] (persistir.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

- [não] mw (sim)
Use a ponderação de massa para raios de giração

- [não] pc (no)
Traçar valores próprios médios

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