go-filter-subsetp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

go-filter-subset.pl - extrai um subgráfico de um arquivo de ontologia

SINOPSE

go-filter-subset.pl -id GO: 0003767 go.obo

go-filter-subset.pl -id GO: 0003767 -para png go.obo | xv -

go-filter-subset.pl -filter_code 'sub {shift-> name = ~ / transcr /}' go.obo

DESCRIÇÃO

Exporta um subconjunto de uma ontologia de um arquivo. O subconjunto pode ser baseado em um conjunto específico de
IDs, um filtro de "subconjunto" predefinido no arquivo de ontologia (por exemplo, um GO "fino" ou subconjunto), ou um usuário
filtro definido.

O subconjunto pode ser exportado em qualquer formato, incluindo uma imagem gráfica

ARGUMENTOS

-eu fiz
ID a ser usado como nó folha no subgráfico. Todos os ancestrais deste ID estão incluídos no
gráfico exportado (a menos que -partial seja definido)

Múltiplos IDs podem ser passados

-id ID1 -id ID2 -id ID3 .... etc

-subconjunto SUBSET_ID
Extrai um subconjunto nomeado do arquivo de ontologia. (funciona apenas com arquivos de formato obo).
Por exemplo, um GO slim específico

SOMENTE os termos pertencentes ao subconjunto são exportados - a opção -parcial é automaticamente
conjunto

-namespace NAMESPACE
apenas termos neste namespace

-filter_code SUB-ROTINA
avançado opção

Uma sub-rotina com a qual o objeto GO :: Model :: Term é testado para inclusão no
subgrafo (todos os ancestrais são incluídos automaticamente)

Você deve ter uma compreensão do modelo de objeto go-perl antes de usar esta opção

Exemplo:

go-filter-subset -filter_code 'sub {shift-> namespace eq' molecular_function '}' go.obo

(o mesmo pode ser alcançado com a opção -namespace)

-parcial
Se for definido, apenas os termos que correspondem à consulta do usuário serão incluídos. Paternidade é
definido para o próximo nó pai recursivo no filtro

Por exemplo, com a opção -subset: se X e Y pertencem ao subconjunto e Z não,
e X is_a Z is_a Y, então o gráfico exportado com X is_a Y

-use_cache
Se essa opção for especificada, o modo de cache será ativado.

Com o modo de cache, na primeira vez que você analisa um arquivo, um arquivo adicional será
exportado em um formato especial de análise rápida. Este arquivo terá o mesmo
nome do arquivo como o arquivo original, exceto que terá o sufixo ".cache".

Na próxima vez que você analisar o arquivo, este programa verificará automaticamente o
existência do arquivo ".cache". Se existir e for mais recente do que o arquivo que você
especificado, isso é analisado em vez disso. Se não existir, é reconstruído.

DOCUMENTAÇÃO
<http://www.godatabase.org/dev>

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