Este é o comando go2rdfp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - ferramenta de conversão e seus invólucros
SINOPSE
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / *. ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / gene_ontology.obo
DESCRIÇÃO
analisa qualquer arquivo de ontologia de estilo GO / OBO e grava em um formato diferente
ARGUMENTOS
-e ARQUIVO DE ERRO
grava erros de análise em XML - o padrão é STDERR (não deve haver erros de análise no
arquivos formados)
-p FORMATO
determina qual analisador usar; se não for especificado, fará uma estimativa com base no arquivo
sufixo. Veja abaixo os formatos
-w | escritor FORMATO
formato de saída - veja a lista abaixo
- | xslt XSLT
O nome ou nome do arquivo de uma transformação XSLT
Pode ser um caminho absoluto para um arquivo em qualquer lugar do sistema de arquivos ou pode apenas
seja o nome do xslt; por exemplo
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
Se o nome for especificado, primeiro de tudo $ GO_ROOT / xml / xsl / *. Xsl será pesquisado; E se
GO_ROOT não está definido, então o diretório de módulos perl onde GO está instalado será pesquisado (o
xslts será instalado aqui automaticamente se você seguir o processo normal de instalação)
-use_cache
Se essa opção for especificada, o modo de cache será ativado.
Com o modo de cache, na primeira vez que você analisa um arquivo, um arquivo adicional será
exportado em um formato especial de análise rápida. Este arquivo terá o mesmo nome
como o arquivo original, exceto que terá o sufixo ".cache".
Na próxima vez que você analisar o arquivo, este programa verificará automaticamente a existência
do arquivo ".cache". Se existir e for mais recente do que o arquivo que você especificou, este
é analisado em vez disso. Se não existir, é reconstruído.
Isso trará uma melhoria de velocidade para b dos formatos de saída abaixo (como
pathlist). A maioria dos formatos de saída funcionam com análise baseada em eventos, portanto, o armazenamento em cache do objeto traz
nenhum benefício e, na verdade, será mais lento do que ignorar o cache
FORMATOS
formatos graváveis são
ir_ont
Arquivos com sufixo ".ontologia"
Eles armazenam os DAGs de ontologia
go_def
Arquivos com sufixo ".defs"
go_xref
Referências de banco de dados externo para termos GO
Arquivos com sufixo "2go" (por exemplo, ec2go, metacyc2go)
go_assoc
Anotações de genes ou produtos gênicos usando GO
Arquivos com o prefixo "associação de genes".
obo_texto
Arquivos com sufixo ".obo"
Esta é uma nova substituição de formato de arquivo para os formatos de arquivo simples GO existentes. Isto
lida com ontologias, definições e xrefs (mas não associações)
obo_xml
Arquivos com sufixo ".obo.xml" ou ".obo-xml"
Esta é a versão XML do formato de arquivo plano OBO acima
prólogo
fatos do prólogo - você precisará de um compilador / interpretador do prólogo para usá-los. Você pode
raciocinar sobre esses fatos usando Obol ou o próximo projeto Bio-LP
representação tabular simples (com perdas) tbl
resumo
pode ser usado em arquivos de ontologia e arquivos de associação
lista de caminhos
mostra todos os caminhos para a raiz
formato OWL da coruja (padrão: OWL-DL)
OWL é um formato padrão W3C para ontologias
Você precisará dos arquivos XSL da distribuição go-dev completa para executá-lo; veja o XML
seção emhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
uma representação YAML de um objeto GO :: Model :: Graph
obj_armazenável
Um dump do objeto perl GO :: Model :: Graph. Você precisa de Storable from CPAN para isso para
trabalhar. Isso se destina a armazenar objetos em cache no sistema de arquivos, para acesso rápido. o
representação obj_storable pode não ser portátil
texto_html
Um formato de saída OBO html ified
godb_prestore
XML que mapeia diretamente para o esquema relacional GODB (pode então ser carregado usando
stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
XML que mapeia diretamente para o esquema relacional Chado (pode então ser carregado usando
stag-storenode.pl)
DOCUMENTAÇÃO
<http://www.godatabase.org/dev>
Use go2rdfp on-line usando serviços onworks.net