hmm2search - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hmm2search - pesquisa um banco de dados de sequência com um perfil HMM

SINOPSE

hmm2search [opções] arquivo hmm arquivo seq

DESCRIÇÃO

hmm2search lê um HMM de arquivo hmm e pesquisas arquivo seq para significativamente semelhante
correspondências de sequência.

arquivo seq será procurado primeiro no diretório de trabalho atual e, em seguida, em um diretório
nomeado pela variável de ambiente BLASTDB. Isso permite que os usuários usem bancos de dados BLAST existentes,
se o BLAST foi configurado para o site.

hmm2search pode levar minutos ou até horas para ser executado, dependendo do tamanho da sequência
base de dados. É uma boa ideia redirecionar a saída para um arquivo.

A saída consiste em quatro seções: uma lista classificada das melhores sequências de pontuação, um
lista classificada dos melhores domínios de pontuação, alinhamentos para todos os melhores domínios de pontuação e
um histograma das pontuações. Uma pontuação de sequência pode ser maior do que uma pontuação de domínio para o
mesma sequência se houver mais de um domínio na sequência; a pontuação da sequência leva
em conta todos os domínios. Todas as sequências com pontuação acima do -E e -T cortes são mostrados
na primeira lista, então cada domínio encontrado nesta lista é mostrado na segunda lista de
hits de domínio. Se desejado, o valor E e os limites de pontuação de bits também podem ser aplicados ao
lista de domínios usando o --cúpula e --domT opções.

OPÇÕES

-h Imprima uma breve ajuda; inclui o número da versão e um resumo de todas as opções, incluindo
opções de especialistas.

-A Limita a saída do alinhamento ao melhores domínios de pontuação. -A0 desliga o
saída de alinhamento e pode ser usado para reduzir o tamanho dos arquivos de saída.

-E Defina o valor de corte E para a lista de acertos classificada por sequência para , onde é um
número real positivo. O padrão é 10.0. Resultados com valores E melhores que (menos
do que) este limite será mostrado.

-T Defina o corte de pontuação de bits para a lista de acertos classificada por sequência para , onde is
um número real. O padrão é infinito negativo; por padrão, o limite é
controlado pelo valor E e não pela pontuação de bits. Acertos com pontuações de bits melhores do que
(maior que) este limite será mostrado.

-Z Calcule as pontuações do valor E como se tivéssemos visto um banco de dados de sequência de
sequências. O padrão é o número de sequências vistas em seu arquivo de banco de dados
.

EXPERT OPÇÕES

--compat
Use o formato de saída do HMMER 2.1.1, o lançamento público 1998-2001; desde que
2.1.1 analisadores não precisam ser reescritos.

--CPU
Define o número máximo de CPUs nas quais o programa será executado. O padrão é usar
todas as CPUs da máquina. Substitui a variável de ambiente HMMER_NCPU. Somente
afeta as versões encadeadas do HMMER (o padrão na maioria dos sistemas).

--cut_ga
Use pontos de corte de pontuação Pfam GA (limite de coleta). Equivalente a --globT
--domT , mas os cortes GA2 e GA1 são lidos do arquivo HMM. hmm2build
coloca esses pontos de corte lá se o arquivo de alinhamento foi anotado em um Pfam amigável
formato de alinhamento (formato SELEX estendido ou Estocolmo) e o GA opcional
linha de anotação estava presente. Se esses pontos de corte não forem definidos no arquivo HMM, --cut_ga
não funciona.

--cut_tc
Use os pontos de corte de pontuação Pfam TC (corte confiável). Equivalente a --globT --domT
, mas os cortes TC2 e TC1 são lidos do arquivo HMM. hmm2build coloca estes
cortes lá se o arquivo de alinhamento foi anotado em um alinhamento compatível com Pfam
formato (formato SELEX estendido ou Estocolmo) e a linha de anotação TC opcional era
presente. Se esses pontos de corte não forem definidos no arquivo HMM, --cut_tc não funciona.

--cut_nc
Use pontos de corte de pontuação Pfam NC (corte de ruído). Equivalente a --globT --domT ,
mas os cortes NC1 e NC2 são lidos do arquivo HMM. hmm2build coloca estes
cortes lá se o arquivo de alinhamento foi anotado em um alinhamento compatível com Pfam
formato (formato SELEX estendido ou Estocolmo) e a linha de anotação NC opcional era
presente. Se esses pontos de corte não forem definidos no arquivo HMM, --cut_nc não funciona.

--cúpula
Defina o valor de corte E para a lista de resultados classificados por domínio para , onde é um
número real positivo. O padrão é infinito; por padrão, todos os domínios no
as sequências que ultrapassaram o primeiro limite serão relatadas na segunda lista, portanto
que o número de domínios relatados na lista por sequência é consistente com o
número que aparece na lista por domínio.

--domT
Defina o corte de pontuação de bits para a lista de resultados classificados por domínio para , onde é um
número real. O padrão é infinito negativo; por padrão, todos os domínios no
as sequências que ultrapassaram o primeiro limite serão relatadas na segunda lista, portanto
que o número de domínios relatados na lista por sequência é consistente com o
número que aparece na lista por domínio. importante notas: apenas um domínio em um
sequência é absolutamente controlada por este parâmetro, ou por --domT. O segundo e
domínios subsequentes em uma sequência têm um limite de pontuação de bits de fato de 0 porque
dos detalhes de como o HMMER funciona. HMMER requer pelo menos uma passagem pelo
modelo principal por sequência; para fazer mais de uma passagem (mais de um domínio) o
o alinhamento de vários domínios deve ter uma pontuação melhor do que o alinhamento de domínio único,
e, portanto, os domínios extras devem contribuir com pontuação positiva. Veja o Guia do Usuário
para mais detalhes.

--frente
Use o algoritmo Forward em vez do algoritmo de Viterbi para determinar o
pontuações de sequência. As pontuações por domínio ainda são determinadas pelo algoritmo de Viterbi.
Alguns argumentaram que Forward é um algoritmo mais sensível para detectar
homólogos de sequência; meus experimentos com HMMER não confirmaram isso, no entanto.

--informar
Afirme que a entrada arquivo seq está em formato ; não execute o formato Babelfish
autodetecção. Isso aumenta um pouco a confiabilidade do programa, porque o
Babelfish pode cometer erros; particularmente recomendado para autônomo, alto
a taxa de transferência é executada de HMMER. As strings de formato válidas incluem FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, ESTOCOLMO, SELEX, MSF, CLUSTAL e PHYLIP. Consulte o Guia do usuário para um
Lista completa.

--null2
Desligue o segundo modelo nulo post hoc. Por padrão, cada alinhamento é redefinido por
uma etapa de pós-processamento que leva em consideração uma possível composição enviesada em qualquer
o HMM ou a sequência alvo. Isso é quase essencial em pesquisas de banco de dados,
especialmente com modelos de alinhamento local. Há uma chance muito pequena de que este
o pós-processamento pode remover correspondências reais e, nesses casos, --null2 pode melhorar
sensibilidade em detrimento da redução da especificidade, permitindo a composição enviesada
acerta.

--pvm Executar em uma máquina virtual paralela (PVM). O PVM já deve estar em execução. o
programa cliente hmm2search-pvm deve ser instalado em todos os nós PVM. PVM opcional
o suporte deve ter sido compilado no HMMER.

--xnu Ative a filtragem XNU de sequências de proteínas alvo. Não tem efeito sobre o ácido nucleico
sequências. Em experimentos de teste, --xnu parece ter um desempenho menos bom do que o
modelo post hoc null2 padrão.

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