ipcress - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

ipcress - Sistema de simulação de experimento de PCR in-silico

SINOPSE

ipcress [ opções ] <primer arquivo> <sequence caminhos>

DESCRIÇÃO

ipcress é o In-silício PCR Eexperiência Simitação Ssistema

Esta é uma ferramenta para simulação de experimentos de PCR. Você fornece um arquivo contendo primers
e um conjunto de sequências, e prevê produtos de PCR.

O Ipcress é semelhante ao programa e-PCR do NCBI, mas é muito mais rápido e não
sofrem de problemas de identificação de correspondências quando há símbolos de ambigüidade perto do primer
extremidades.

Se você fornecer muitos pares de primers juntos, o ipcress irá simular os experimentos de PCR em
paralelo, permitindo a simulação ampla do genoma de um grande número de experimentos. Usa muitos
bibliotecas do exonerar ferramenta de comparação de sequência.

INPUT FORMATO

A entrada para ipcress é um arquivo simples delimitado por espaços em branco que descreve um experimento por
linha. Cada linha contém os 5 campos a seguir:

id Um identificador para este experimento
iniciador_A Sequência para o primeiro primer
iniciador_B Sequência para o segundo primer
min_product_len Comprimento mínimo do produto para relatar
max_product_len Comprimento máximo do produto para relatar

Aqui está um exemplo de linha neste formato:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

SAÍDA FORMATO

O formato de saída descreve um produto PCR por linha,
e é prefixado por "ipcress:", seguido pelos 11 campos a seguir:

id_sequência O identificador de sequência
id_experiência O id do experimento de PCR
comprimento_do_produto O comprimento do produto PCR
cartilha_5 O iniciador 5 '(A ou B)
pos_5 Posição do primer 5 '
incompatibilidade_5 Número de incompatibilidades no primer 5 '
cartilha_3 |
pos_3 | Mesmos campos para o primer 3 '
incompatibilidade_3 |
descrição Uma descrição do produto PCR

O campo de descrição é uma das 4 strings a seguir:

para a frente Produto normal, primer A seguido por B
recomp Produto normal, primer B seguido por A
único_A Produto ruim gerado apenas pelo primer_A
solteiro_B Produto ruim gerado apenas pelo primer_B

Há também uma saída legível por humanos exibida, não foi projetada para análise (consulte:
--muito abaixo).

SUPORTE OPÇÕES

A maioria dos argumentos tem formas curtas e longas. As formas longas
são mais propensos a ficar estáveis ​​ao longo do tempo e, portanto, devem ser usados ​​em scripts que
chamar ipcress.

-h | --shorthelp
Mostre ajuda. Isso exibirá um resumo conciso das opções disponíveis, padrões
e os valores atualmente definidos.

--Socorro
Isso mostra todas as opções de ajuda, incluindo os padrões, o valor atualmente definido,
e a variável de ambiente que pode ser usada para definir cada parâmetro. Haverá
ser uma indicação de quais opções são obrigatórias. As opções obrigatórias não têm
padrão e deve ter um valor fornecido para que o ipcress seja executado. Se opções obrigatórias
são usados ​​em ordem, seus sinalizadores podem ser ignorados da linha de comando (ver exemplos
abaixo). Ao contrário desta página de manual, as informações desta opção estarão sempre disponíveis
atualizado com a versão mais recente do programa.

-v | --versão
Exibe o número da versão. Também exibe outras informações, como a data de construção
e a versão glib usada.

ARQUIVO INPUT OPÇÕES

-i | --entrada
Dados de experimentos de PCR no formato de arquivo ipcress descrito acima.

-s | --seqüência
Especifique as sequências. Vários arquivos podem ser especificados aqui, o que reduz o FSM
sobrecarga de construção e faz o ipcress funcionar mais rápido do que o processo
separadamente.

IPCRESS PARÂMETROS

-m | --incompatibilidade
Especifique o número de incompatibilidades permitidas por primer. Permitir incompatibilidades reduz
a velocidade do programa como uma grande vizinhança primer deve ser construída, e
menos experimentos podem ser ajustados na memória antes de cada varredura da sequência
bases de dados.

-M | --memória
Especifique a quantidade de memória que o programa deve usar. Quanto mais memória feita
ipcress disponível, mais rápido será executado, pois mais experimentos de PCR podem ser realizados
em cada varredura dos bancos de dados de sequência. Isso não inclui a memória usada durante
a varredura (para armazenar resultados parciais e sequências), de modo que a quantidade real de
a memória usada será um pouco maior.

-p | --bonito
Exibe os resultados em um formato legível por humanos, não projetado para análise.

-P | --produtos
Exibir produtos de PCR como uma sequência de formato FASTA.

-S | --semente
Especifique o comprimento da semente para a palavra vizinhança do FSM. Se definido como zero,
o primer completo é usado. Palavras mais curtas reduzem o tamanho da vizinhança, mas
aumente o tempo gasto pelo ipcress para filtrar correspondências positivas falsas.

MEIO AMBIENTE

Ainda não documentado.

EXEMPLOS

ipcress teste.ipcress sequência.fasta
Esta é a maneira mais simples de usar o ipcress.
ipcress dbsts_human.ipcress --seqüência ncbi30 / *. fasta --incompatibilidade 1
Compare um arquivo de entrada com um conjunto de arquivos fasta, permitindo uma incompatibilidade em cada
cartilha.

VERSÃO

Esta documentação acompanha a versão 2.2.0 do pacote exonerate.

Use ipcress online usando serviços onworks.net