iqtree - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

iqtree - software filogenético eficiente por máxima verossimilhança

SINOPSE

iqtree -s [OPÇÕES]

DESCRIÇÃO

IQ-TREE versão 1.3.11.1 para Linux 64 bits construído em 1 de fevereiro de 2016 Copyright © 2011-2015 Nguyen
Lam Tung, Olga Chernomor, Arndt von Haeseler e Bui Quang Minh.

SUPORTE OPÇÕES:
-? ou -h
Imprimindo esta caixa de diálogo de ajuda

-s
Alinhamento de entrada no formato PHYLIP / FASTA / NEXUS / CLUSTAL / MSF

-st
BIN, DNA, AA, NT2AA, CODON, MORPH (padrão: detecção automática)

-q
Modelo de partição ligada à borda (arquivo no formato NEXUS / RAxML)

-spp Gostar -q opção, mas permitindo taxas específicas de partição

-sp Modelo de partição sem link de borda (como -M opção de RAxML)

-t | BIONJ | ALEATÓRIA
Árvore inicial (padrão: 100 árvores parcimoniosas e BIONJ)

-chá Gostar -t mas consertando a árvore do usuário (nenhuma busca na árvore realizada)

-o
Nome do táxon de grupo externo para escrever .treefile

-pré
Usando para arquivos de saída (padrão: aln / partição)

-semente
Número de semente aleatório, normalmente usado para fins de depuração

-v, -vv, -vvv
Modo detalhado, imprimindo mais mensagens na tela

NOVAS estocástico ÁRVORE Pesquisar ALGORITMO:
-pl Use a biblioteca de verossimilhança filogenética (PLL) (padrão: desligado)

-numpars
Número de árvores de parcimônia inicial (padrão: 100)

-toppars
Número das melhores árvores de parcimônia (padrão: 20)

-sprad
Raio para pesquisa SPR parcimoniosa (padrão: 6)

-numcand
Tamanho do conjunto da árvore candidata (padrão: 5)

-pessoas
Força de perturbação para NNI randomizado (padrão: 0.5)

-allnni
Realize uma pesquisa NNI mais completa (padrão: desligado)

-numstop
Número de iterações malsucedidas para parar (padrão: 100)

-n <#iterações>
Corrija o número de iterações para <#iterations> (padrão: auto)

-iqp Use a perturbação da árvore IQP (padrão: NNI randomizado)

-iqpnni
Volte para o antigo algoritmo de pesquisa em árvore IQPNNI

ULTRA RÁPIDO BOOTSTRAP:
-bb <#replicates>
Bootstrap ultrarrápido (> = 1000)

-wbt Grave árvores de bootstrap no arquivo .ufboot (padrão: nenhum)

-wbtl Como -wbt mas também escrevendo comprimentos de galhos

-nm <#iterações>
Número máximo de iterações (padrão: 1000)

-npasso <#iterations> #Iterações para regra de parada UFBoot (padrão: 100)

-bcor
Coeficiente de correlação mínimo (padrão: 0.99)

-beps
RELL épsilon para desempate (padrão: 0.5)

PADRÃO NÃO PARAMÉTRICO BOOTSTRAP:
-b <#replicates>
Bootstrap + árvore de ML + árvore de consenso (> = 100)

-bc <#replicates>
Bootstrap + árvore de consenso

-bo <#replicates>
Bootstrap apenas

ÚNICA RAMO TESTE:
-alt <#replicates>
Teste de razão de verossimilhança aproximada semelhante a SH (SH-aLRT)

-alt 0
Teste paramétrico aLRT (Anisimova e Gascuel 2006)

-abayes
teste aproximado de Bayes (Anisimova et al. 2011)

-lbp <#replicates>
Probabilidades de bootstrap local rápido

AUTOMATIC MODELO SELEÇÃO:
-m SOMENTE
Seleção de modelo padrão (como jModelTest, ProtTest)

-m TESTE
Como -m TESTONLY mas seguido pela reconstrução da árvore

-m TESTE APENAS
Seleção de novo modelo incluindo heterogeneidade FreeRate (+ R)

-m TESTE
Como -m TESTNEWONLY mas seguido pela reconstrução da árvore

-m TESTE SOMENTE
Selecione o esquema de partição mais adequado (como PartitionFinder)

-m TESTMERGE
Como -m SOMENTE TESTE, mas seguido pela reconstrução da árvore

-m TESTNEWMERGEONLY
Como -m TESTMERGEONLY, mas inclui heterogeneidade FreeRate

-m TESTENEWMERGE
Como -m TESTNEWMERGEONLY seguido de reconstrução da árvore

-rcluster
Porcentagem de pares de partição (algoritmo de agrupamento relaxado)

-mset programa
Restrinja a pesquisa a modelos suportados por outros programas (ou seja, raxml, phyml ou
Mrbayes)

-mset m1, ..., mk
Restrinja a pesquisa a modelos em uma lista separada por vírgulas (por exemplo -mset WAG, LG, JTT)

-msub fonte
Restrinja a pesquisa a modelos AA projetados para fontes específicas (ou seja, nuclear,
mitocondrial, cloroplasto ou viral)

-mfreq f1, ..., fk
Restrinja a pesquisa para usar uma lista de frequências de estado (proteína padrão: -mfreq FU, F;
códon: -mfreq , F1x4, F3x4, F)

-mrate r1, ..., rk
Restrinja a pesquisa para usar uma lista de modelos de taxa entre sites (por exemplo -mrate
E, I, G, I + G, R)

-cm
Número mínimo de categorias para o modelo FreeRate [+ R] (padrão: 2)

-cmax
Número máximo de categorias para o modelo FreeRate [+ R] (padrão: 10)

??? mérito AIC | AICc | BIC
Critério de otimização a ser usado (padrão: todos)

-márvore Execução de pesquisa de árvore completa para cada modelo considerado

-mredo Ignorando os resultados do modelo calculados anteriormente (padrão: não)

-louco mx1, ..., mxk
Lista de modelos de mistura a considerar também

-mdef
Um arquivo NEXUS de definição de modelo (consulte o manual)

SUBSTITUIÇÃO MODELO:
-m

DNA: HKY (padrão), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN / TrN, TNef,
TIM, TIMef, TVM, TVMef, SYM, GTR ou especificação do modelo de 6 dígitos (por exemplo, 010010 =
HKY)

Proteína: WAG (padrão), Poisson, cpREV, mtREV, Dayhoff, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, HIVb, HIVw, JTTDCMut, GRIPE, Blosum62

Mistura de proteínas: C10, ..., C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
JTTCF4G

Binário: JC2 (padrão), GTR2

Códon empírico: KOSI07, SCHN05

Códon mecanístico: GY (padrão), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
MG1KTS, MG1KTV, MG2K

Códon semi-empírico: XX_YY em que XX é empírico e YY é o modelo mecanicista

Morfologia / SNP: MK (padrão), ORDENADO

Caso contrário: nome do arquivo que contém os parâmetros do modelo do usuário
(parâmetros de taxa e frequências de estado)

-m + F ou + FO ou + FU ou + FQ (padrão: automático)
contado, otimizado, definido pelo usuário, frequência de estado igual

-m + F1x4 ou + F3x4
Frequências de códon

-m + ASC
Correção de viés de averiguação para dados morfológicos / SNP

-m "MIX {m1, ... mK}"
Modelo de mistura com componentes K

-m "FMIX {f1, ... fK}"
Modelo de mistura de frequência com componentes K

-mwopt Ative a otimização de pesos de mistura (padrão: nenhum)

TAXA HETEROGENEIDADE:
-m + I ou + G [n] ou + I + G [n] ou + R [n]
Modelo Invar, Gamma, Invar + Gamma ou FreeRate em que 'n' é o número de categorias
(padrão: n = 4)

-a
Parâmetro de forma gama para taxas de sites (padrão: estimativa)

-gmediana
Média de cálculo para categoria de taxa de gama (padrão: média)

--teste-alfa
Estimativa mais completa para os parâmetros do modelo + I + G

-i
Proporção de sites invariáveis ​​(padrão: estimativa)

-mh Calculando taxas específicas do site para arquivo .mhrate usando Meyer & von Haeseler (2003)
método

TESTE OF MODELO HOMOGENEIDADE:
-m MAIS BRANCO
Suposição de homogeneidade do modelo de teste (GTR + G) usando Weiss & von Haeseler (2003)
método

-ns <#simulations>
#Simulações para obter distribuição nula (padrão: 1000)

CONSENSO RECONSTRUÇÃO:
-t
Conjunto de árvores de entrada para reconstrução de consenso

-minuto
Suporte a divisão mínima no intervalo [0,1]; 0.5 para o consenso da regra da maioria (padrão: 0, ou seja
consenso estendido)

-bi
Descartando árvores no início de

-con Computando árvore de consenso para arquivo .contree

-internet Computando rede de consenso para arquivo .nex

-e aí
Atribuição de valores de suporte para para .suptree

-suptag
Nome do nó (ou ALL) para atribuir IDs de árvore onde o nó ocorre

ROBINSON-FOULDS DISTÂNCIA:
-rf_tudo
Calculando distâncias de RF de todas as árvores em

-rf
Calculando todas as distâncias de RF entre dois conjuntos de árvores armazenados em e


-rf_adj
Calculando distâncias de RF de árvores adjacentes em

ÁRVORE TOPOLOGIA TESTE:
-z
Avaliação de um conjunto de árvores de usuários

-zb <#replicates>
Execução de testes BP, KH, SH, ELW para árvores aprovadas por -z

-zw Também realizando testes KH ponderado e SH ponderado

GERANDO RANDOM ÁRVORES:
-r
Crie uma árvore aleatória no modelo Yule-Harding.

-ru
Crie uma árvore aleatória no modelo uniforme.

-rcat
Crie uma árvore de lagarta aleatória.

-rbal
Crie uma árvore balanceada aleatória.

-rcsg
Crie uma rede de divisão circular aleatória.

-rlen
comprimentos de ramificação mínimo, médio e máximo de árvores aleatórias.

DIVERSOS:
-peso Grave árvores localmente ideais no arquivo .treels

-blfix Corrigir comprimentos de ramificação da árvore do usuário passados ​​por -chá

-blmin Comprimento mínimo do ramo para otimização (padrão 0.000001)

-blmax Comprimento máximo do ramo para otimização (padrão 100)

-wsl Grave as probabilidades de registro do site no arquivo .sitelh

-wslr Grave as probabilidades de registro do site por categoria de taxa

-wslm Grave as verossimilhanças do log do site por classe de mistura

-wslmr Grave as verossimilhanças do log do site por mistura + classe de taxa

-fconst f1, ..., fN
Adicione padrões constantes ao alinhamento (N = # nstates)

Use iqtree online usando serviços onworks.net