macs2_bdgdiff - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

macs2_bdgdiff - Análise baseada em modelo para sequenciamento de chips

DESCRIÇÃO

uso: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 PROFUNDIDADE1]
[--d2 PROFUNDIDADE2] [--outdir OUTDIR] (--o-prefixo OPREFIXO | -o DE ARQUIVO DE ARQUIVO DE ARQUIVO)

opcional argumentos:
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia

--t1 T1BDG
Base de acúmulo de MACS Gráfico para condição 1. Incompatível com callpeak --SPMR saída.
É REQUERIDO

--t2 T2BDG
Base de acúmulo de MACS Gráfico para condição 2. Incompatível com callpeak --SPMR saída.
É REQUERIDO

--c1 C1BDG
MACS control lambda bedGraph para a condição 1. Incompatível com callpeak --SPMR
saída. OBRIGATÓRIO

--c2 C2BDG
MACS control lambda bedGraph para a condição 2. Incompatível com callpeak --SPMR
saída. OBRIGATÓRIO

-C CORTAR, --cortar CORTE FORA
corte logLR. PADRÃO: 3 (razão de verossimilhança = 1000)

-l MINLEN, --min-len MINLEN
Comprimento mínimo da região diferencial. Experimente um valor maior para remover pequenas regiões.
PADRÃO: 200

-g MAXGAP, --max-gap GAP MÁXIMO
Lacuna máxima para mesclar regiões diferenciais próximas. Considere uma lacuna mais ampla para ampla
marcas. O intervalo máximo deve ser menor do que o comprimento mínimo (-g) PADRÃO: 100

--d1 PROFUNDIDADE 1, --profundidade1 PROFUNDIDADE 1
Profundidade de sequenciamento (número de leituras não redundantes em milhões) para a condição 1. Será
usado junto com --d2. Veja a descrição para --d2 abaixo para saber como atribuí-los.
Padrão: 1

--d2 PROFUNDIDADE 2, --profundidade2 PROFUNDIDADE 2
Profundidade de sequenciamento (número de leituras não redundantes em milhões) para a condição 2. Será
usado junto com --d1. DEPTH1 e DEPTH2 serão usados ​​para calcular a escala
fator para cada amostra, para reduzir a amostra maior para o nível de uma menor.
Por exemplo, ao comparar 10 milhões da condição 1 e 20 milhões da condição 2, use
--d1 10 --d2 20, então o valor de empilhamento no gráfico de base para a condição 2 será dividido por
2. Padrão: 1

--outdir EXTERIOR
Se especificado, todos os arquivos de saída serão gravados nesse diretório. Padrão: o
diretório de trabalho atual

--o-prefixo OPREFIXO
Prefixo do arquivo de saída. Os arquivos reais serão nomeados como PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed e PREFIX_common.bed. Mutuamente exclusivo com -o/ - ofile.

-o DE ARQUIVO DE ARQUIVO DE ARQUIVO, --ofile DE ARQUIVO DE ARQUIVO
Nomes de arquivos de saída. Deve fornecer três argumentos em ordem: 1. arquivo para regiões exclusivas em
condição 1; 2. arquivo para regiões exclusivas na condição 2; 3. arquivo para regiões comuns
em ambas as condições. Nota: mutuamente exclusivo com --o-prefixo.

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