Este é o comando macs2_bdgopt que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
macs2_bdgopt - Análise baseada em modelo para sequenciamento de chips
DESCRIÇÃO
uso: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {multiplicar, adicionar, p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
DE ARQUIVO
opcional argumentos:
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia
-i IFILE, --ifile FILE
Pontuação MACS em bedGraph. Nota: este deve ser um arquivo bedGraph cobrindo TODA
genoma. OBRIGATÓRIO
-m {multiplicar, adicionar, p2q}, --método {multiplique, some, p2q}
Método para modificar a coluna de pontuação do arquivo bedGraph. As opções disponíveis são:
multiplique, some ou p2q. 1) multiplique, o EXTRAPARAM é necessário e será
multiplicado para a coluna de pontuação. Se você pretende dividir a coluna de pontuação por X, use
valor de 1 / X como EXTRAPARAM. 2) adicionar, o EXTRAPARAM é necessário e será adicionado ao
a coluna de pontuação. Se você pretende subtrair a coluna de pontuação por X, use o valor de -X
como EXTRAPARAM. 3) p2q, isso converterá as pontuações do valor p em pontuações do valor q usando
Processo Benjamini-Hochberg. O EXTRAPARAM não é obrigatório. Este método assume
as pontuações são -log10 valor p de MACS2. Qualquer outro tipo de pontuação causará
erros inesperados.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM...]], --extra-param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM...]]
O parâmetro extra para METHOD. Verifique os detalhes de -m opção.
--outdir EXTERIOR
Se especificado, todos os arquivos de saída serão gravados nesse diretório. Padrão: o
diretório de trabalho atual
-o OFILÉ, --ofile DE ARQUIVO
Nome do arquivo BEDGraph de saída.
Use macs2_bdgopt online usando serviços onworks.net
