macs2 - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

macs2 - macs2 - Análise baseada em modelo para sequenciamento de ChIP

DESCRIÇÃO

uso: macs2 [-h] [--version]

{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, predictd, pileup, randsample, refinepeak}
...

Mac2 -- Análise baseada em modelo para sequenciamento de ChIP

posicional argumentos:
{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, predictd, pileup, randsample, refinepeak}

pico de chamada
Função MACS2 principal: Picos de chamada de resultados de alinhamento.

bdgpeakcall
Picos de chamada da saída de bedGraph. Nota: todas as regiões no mesmo cromossomo no
O arquivo bedGraph deve ser contínuo, então apenas os arquivos bedGraph do MACS2 são
aceitável.

bdgroadcall
Chame amplos picos da saída do bedGraph. Nota: todas as regiões no mesmo cromossomo em
o arquivo bedGraph deve ser contínuo, então apenas os arquivos bedGraph de MACS2 são
aceitável.

bdgcmp Reduza o ruído comparando duas trilhas de sinal em bedGraph. Nota: todas as regiões no
mesmo cromossomo no arquivo bedGraph deve ser contínuo, então apenas arquivos bedGraph
de MACS2 são aceitáveis.

bdgopt Operações na coluna de pontuação do arquivo bedGraph. Nota: todas as regiões no mesmo
cromossomo no arquivo bedGraph deve ser contínuo, então apenas arquivos bedGraph de
MACS2 são aceitáveis.

cmbreps
Combine BEDGraphs de pontuações de réplicas. Nota: todas as regiões no mesmo
cromossomo no arquivo bedGraph deve ser contínuo, então apenas arquivos bedGraph de
MACS2 são aceitáveis.

bdgdiff
Detecção de pico diferencial com base em quatro arquivos de gráfico de fundo emparelhados. Nota: todas as regiões
no mesmo cromossomo no arquivo bedGraph deve ser contínuo, então apenas bedGraph
os arquivos do MACS2 são aceitáveis.

filtrado
Remova leituras duplicadas na mesma posição e, em seguida, converta o formato aceitável para BED
formato.

previsto
Preveja o tamanho do fragmento a partir dos resultados do alinhamento. * NÃO filtrará duplicatas *

Pileup Pileup alinhado leituras com um determinado tamanho de extensão (tamanho do fragmento ou d em MACS
língua). Observe que não haverá nenhuma etapa para a filtragem ou sequenciamento de leituras duplicadas
escala de profundidade, então você pode precisar fazer certos pré / pós-processamento.

amostra aleatória
Número da amostra aleatória / porcentagem do total de leituras.

pico de refinamento
(Experimental) Faça o alinhamento das leituras brutas, refine os picos de pico e dê pontuações
medir o equilíbrio das etiquetas waston / crick. Inspirado por SPP.

opcional argumentos:
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia

--versão
mostrar o número da versão do programa e sair

Para obter as opções de linha de comando de cada comando, digite: macs2 COMMAND -h

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