maf2anchors.pl - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

maf2anchors - Converte arquivos maf em conjuntos de âncora Murasaki

SINOPSE

maf2anchors

OPÇÕES

--prefix =
use como um prefixo para nomes de arquivo de saída (caso contrário, usa )

--rifts =
permitir até fendas.

--fakeseqs
gerar arquivos de comprimento de sequência falsos e stubs de sequência com base em dados de comprimento de sequência
no arquivo MAF

--Confiar em
confiar na anotação de comentário adicionada pelo TBA na segunda linha do arquivo (se houver)
que lista a árvore usada no alinhamento e todas as sequências envolvidas. Padrões
para ligado. use --notrust para desconfiar das tags TBA (tecnicamente, esses dados não fazem parte do
especificação do formato de arquivo e é apenas amontoado em comentários que a TBA produz, mas
pode não estar presente ou ser preciso em todos os arquivos MAF, portanto, oferecemos a opção de
desconfie disso).

--ordenar
Classifique as sequências encontradas por --trust (de modo a corresponder à saída que teria
aconteceu com --notrust).

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