maqview - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

Maqview - indexador e visualizador de alinhamento Maq

SINOPSE

índice maq -i|-v|-b [-c em.cns] no.mapa [chr[:começo[-final]] [...]]

maqview [-c em.cns] no.mapa

DESCRIÇÃO

MaqviewName é um conjunto de programas que obtém acesso aleatório rápido ao arquivo de alinhamento
gerado por `mas Q map ', e exibe o alinhamento com uma bela GUI (Graphical User
Interface). É altamente eficiente em velocidade, memória e uso de disco. MaqviewName é baseado em
OpenGL e é conhecido por funcionar tanto no Mac OS X quanto no Linux. A transferência para o Windows é, em princípio,
fácil.

índice maq
índice maq -i|-v|-b [-c em.cns] no.mapa [chr[:começo[-final]] [...]]

-i Indexar o arquivo de alinhamento

-v Imprime o alinhamento na região especificada no formato `maq mapview '

-b Despeja o alinhamento na região especificada no formato binário .map

-c ARQUIVO Indexar o arquivo de consenso Maq para visualização no maqview ao mesmo tempo

Agenda índice maq indexa um arquivo de alinhamento maq no.mapa ou recupera rapidamente todas as leituras em
uma ou várias regiões. Um de -i, -v e -b deve ser usado. Para -v or -b, pelo menos um
região como `chrX ',` chrX: 1000' ou `chrX: 1,000-2,000 'deve ser especificada. Múltiplas regiões
são autorizadas.

maqview
maqview [-c em.cns] no.mapa

-c ARQUIVO O arquivo de consenso Maq

Agenda maqview exibe o alinhamento de leitura em uma janela gráfica. Quando em.cns is
especificado, a sequência superior é a referência, seguida pela sequência de consenso Maq;
caso contrário, o consenso da regra da maioria será calculado.

Maqview tem duas visualizações: visualização de sequência e visualização de caixa. Na visualização da sequência, leia as sequências
será impresso na tela. Bases mais escuras indicam qualidades de base mais baixas e vermelhas
mostrar as diferenças em comparação com a referência se em.cns é especificado ou para o
consenso da regra da maioria, se não. Na exibição de caixa, diferentes tipos de nucleotídeos são
representado como caixas de cores com verde para A, ciano para C, laranja para G, vermelho para T e escuro
cinza para N. A saturação das cores indica as qualidades de base e as linhas de espessura
de leituras mostra as qualidades de mapeamento de alinhamentos de leitura. Aumentar / diminuir o zoom é compatível apenas
na exibição de caixa. Em ambas as visualizações, a barra de status na parte inferior da janela mostrará alguns
informações sobre os toques de tecla e ler nomes e qualidades básicas apontadas pelo mouse.

A navegação no alinhamento é realizada por vários atalhos de teclado.

· Combinações de teclas:

? Ajuda de exibição
Saída
Vista de sequência
Vista de caixa
p Mudar para a sequência de referência anterior
n Mudar para a próxima sequência de referência
r Atualizar

Mova para a posição apontada por
h / Mover para a esquerda em uma base
eu / Mova para a direita por uma base
k / Sobe uma linha
j / Mova uma linha para baixo
> Passe para a próxima leitura
<Mover para a leitura anterior
g / Mover para o início da referência atual
G / Mover para o final da referência atual
você / Mover para a esquerda em uma página
/ Mova uma página para a direita
Mova por 100 bases
Mova em 1000 bases

+ Adicionar uma nova visão
- Remova a vista atual

Liga / desliga a rolagem automática para a direita
^ b Liga / desliga a rolagem automática à esquerda
+ Ampliar
- Reduzir o zoom
0 Zoom para a escala padrão
q Alternar para mostrar / ocultar qualidades de mapeamento
e Alternar as qualidades de mapeamento SE / PE de exibição
o Abra um novo arquivo de alinhamento

· Insira um número inteiro e pressione para saltar para a posição necessária.

· Insira um número inteiro e pressione uma tecla diferente para acelerar a rolagem pelo
fator especificado.

· Clique com o botão esquerdo e arraste a cruz amarela no quadrado para mover ao longo da sequência. Direito
clique na referência para destacar uma coluna.

Use maqview online usando serviços onworks.net