meryl - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

meryl - contagem de kmer dentro e fora do núcleo e utilitários

SINOPSE

Estimando memória requisitos
Meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

Meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -n mercenário

Prédio a mesa
Meryl -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L minocorrência] [-U maxocorrência]
[-tópicos n | {-segmentos segmentos | -memória megabytes} [-configbatch [-sge nome do trabalho]]]
-s seq.fasta -o tblprefixo

Meryl -contagem número [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefixo

Meryl -mergebatch número [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefixo

Executando operações on a mesa
Meryl -M operação [-v] -s tblprefixo [-s tblprefix2 ...] -o saída

Dumping a mesa
Meryl -Dh -s tblprefixo

Meryl -Dt -n contagem mínima -s tblprefixo

DESCRIÇÃO

Meryl calcula o conteúdo kmer de sequências genômicas. O conteúdo Kmer é representado como um
lista de kmers e o número de vezes que cada um ocorre nas sequências de entrada. O kmer pode ser
restrito apenas ao kmer direto, apenas ao kmer reverso ou ao kmer canônico
(lexicograficamente menor do kmer direto e reverso em cada local). Meryl pode
relatar o histograma de contagens, a lista de kmers e suas contagens, ou pode realizar
operações matemáticas e definidas nos arquivos de dados processados.

A saída de Meryl são dois arquivos binários, chamados de banco de dados meryl, que podem ser rapidamente
despejado para fornecer um histograma de contagens ou as contagens reais. Uma biblioteca C ++ é fornecida
para acesso direto aos arquivos.

OPÇÕES

-P Estimar os requisitos de memória. Dado um arquivo de sequência (-s) ou um limite superior no
número de mers no arquivo (-n), calcule o tamanho da tabela (-t em construção) para minimizar
o uso de memória. Este modo reconhece as seguintes opções:

-m # tamanho de um Mer (obrigatório)

-c # compressão de homopolímero (opcional)

-p habilitar posições

-s seq.fasta
Arquivo de sequência a ser verificado para determinar o número de mers

-n # computar parâmetros assumindo arquivo com tantos meros nele

Apenas um de -s, -n precisa ser especificado. Se ambos forem fornecidos, -s tem prioridade.

-B Calcula as tabelas mer-count dado um arquivo de sequência (-s) e muitos parâmetros. Por
padrão, ambas as vertentes são processadas.

-f construir apenas para a frente

-r construir apenas para a fita reversa

-C usar mers canônicos (assume ambas as vertentes)

-L # NÃO salve mers que ocorrem menos de # vezes

-U # NÃO salve mers que ocorrem mais de # vezes

-m # tamanho de um Mer (obrigatório)

-c # compressão de homopolímero (opcional)

-p habilitar posições

-s seq.fasta
sequência para construir a mesa para

-o tblprefixo
prefixo da tabela de saída

-v entreter o usuário

A Meryl processo pode ser executado em um grande lote de memória, em muitos pequenos lotes de memória,
ou sob controle SGE, tudo com ou sem o uso de múltiplos núcleos de CPU. Por padrão,
o cálculo é feito como um grande processo sequencial. Operação multi-threaded
é possível, com despesas adicionais de memória, como é a operação segmentada, em
Despesa de E / S.

Rosqueado operação
Divida a contagem em n peças de tamanhos quase iguais. Isso usa um extra
h MB (de -P) por discussão.

-tópicos n
usar n threads para construir

Segmentado, seqüente operação
Divida a contagem em partes que caberão em não mais do que m MB de
memória, ou em n pedaços de tamanhos iguais. Cada peça é calculada sequencialmente,
e os resultados são mesclados no final. Apenas um de -memória e -segmentos is
necessário.

-memória m
use no máximo m MB de memória por segmento

-segmentos n
usar n segmentos

Segmentado, lote operação
O mesmo que sequencial, exceto que permite que cada segmento seja executado manualmente
em paralelo. Apenas um de -memória e -segmentos é preciso. Veja também o
EXEMPLO seção nesta página.

-memória m
use no máximo m MB de memória por segmento

-segmentos n
usar n segmentos

-configbatch
criar os lotes

-contagem n
executar o número do lote n

-mergebatch
mesclar os lotes

O modo em lote pode ser executado na grade.

-sge nome do trabalho
nome de trabalho exclusivo para esta execução. Meryl irá enviar trabalhos com nome
mpnome do trabalho, nnome do trabalho, nmnome do trabalho, para as fases preparar, contar e mesclar.

-sgebuild "opções"

-sgemerge "opções"
quaisquer opções adicionais para qsub(1) (por exemplo, "-p -153 -educaçao Fisica discussão 2 -A
merylaccount ") NB - -N será ignorado NB - certifique-se de citar o
opções

-M Dada uma lista de tabelas, execute uma operação matemática, lógica ou de limite. A não ser que
especificado, todas as operações usam qualquer número de bancos de dados. As operações matemáticas são:

minutos count é a contagem mínima para todos os bancos de dados. Se o mer NÃO existe em
todos os bancos de dados, o mer tem uma contagem zero e NÃO está na saída.

minexista
contagem é a contagem mínima para todos os bancos de dados que contêm o mer

max contagem é a contagem máxima para todos os bancos de dados

adicionar a contagem é a soma das contagens de todos os bancos de dados

abaixo contagem é o primeiro menos o segundo (apenas binário)

abs contagem é o valor absoluto do primeiro menos o segundo (apenas binário)

As operações lógicas são:

e retorna mer iff existe em todos os bancos de dados

Nand retorna mer iff existe em pelo menos um, mas não em todos os bancos de dados

or retorna mer iff existe em pelo menos um banco de dados

xor retorna mer iff existe em um número ímpar de bancos de dados

As operações de limite são:

Menor que x
emite mer iff tem count <x

Menor ou igual x
produz mer iff tem contagem <= x

Maior que x
produz mer iff tem count> x

maior do que igual x
produz mer iff tem contagem> = x

igual x
emite mer iff tem count == x

As operações de limite funcionam em exatamente um banco de dados.

-s tblprefixo
usar tblprefixo como um banco de dados

-o tblprefixo
crie esta saída

-v entreter o usuário

-D Tabela de despejo (nem todos esses trabalhos)

-Dd Despeje um histograma da distância entre os mesmos mers.

-Dt Dump mers> = um limite. Usar -n para especificar o limite.

-Dc Conte o número de meros, meros distintos e únicos.

-Dh Despeje (para stdout) um histograma de contagens de mer.

-s Leia a tabela de contagem a partir daqui (deixe de fora o .mcdat ou .mcidx).

EXEMPLO

Fornada criação of a mesa
Inicialize o cálculo com -configbatch, que precisa de todas as opções de construção. Executar tudo
-contagem empregos, então -mergebatch para ser concluído.

Meryl -configbatch -B [opções] -o lima
Meryl -contagem 0 -o lima
Meryl -contagem 1 -o lima
...
Meryl -contagem N -o lima
Meryl -mergebatch N -o lima

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