mia-2dmyomilles - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mia-2dmyomilles - Executa um registro de uma série de imagens 2D.

SINOPSE

mia-2dmiomil -i -o [opções]

DESCRIÇÃO

mia-2dmiomil Este programa é usado para executar uma versão modificada do ICA baseado
abordagem de registro descrita em Milles et al. 'Correção de movimento totalmente automatizada em
First-Pass Myocardial Perfusion MR Image Sequences ', Trans. Med. Imagem., 27(11)
1611-1621, 2008. As mudanças incluem a extração do movimento quase periódico em
conjuntos de dados adquiridos sem esforço e a opção de executar o registro afim ou rígido em vez disso
da otimização das traduções apenas.

OPÇÕES

Arquivo-IO
-i --in-file = (entrada, obrigatório); fragmento
entrada do conjunto de dados de perfusão

-o --out-file = (saída, obrigatório); fragmento
conjunto de dados de perfusão de saída

-r --registered =
base de nome de arquivo para arquivos registrados

--save-reference =
salvar imagens de referência sintéticas nesta base de arquivo

--save-cropped =
salvar imagem recortada definida neste arquivo

--save-feature =
salvar as imagens de características resultantes do ICA e algumas imagens intermediárias
usado para a segmentação RV-LV com o nome de arquivo fornecido com base em arquivos PNG.
Salve também os coeficientes da melhor mistura inicial e da mistura final de IC
matriz.

Ajuda & Info
-V --verbose = aviso
detalhamento de saída, mensagens de impressão de determinado nível e prioridades mais altas.
As prioridades com suporte começando no nível mais baixo são:
info - Mensagens de baixo nível
traçar - Rastreamento de chamada de função
falhar - Reportar falhas de teste
aviso - Avisos
erro - Reportar erros
depurar - Saída de depuração
mensagem - Mensagens normais
fatal - Reportar apenas erros fatais

--direito autoral
imprimir informações de direitos autorais

-h --ajuda
imprima esta ajuda

-? --uso
imprimir uma pequena ajuda

--versão
imprima o número da versão e saia

ICA
-C --components = 0
Componentes ICA 0 = estimativa automática Componentes IICA 0 = automático
estimativa

--normalizar
ICs normalizados

--sem meios
não retire a média das curvas de mistura

-g --adivinha
usar estimativa inicial para perfusão miocárdica

-s --segscale = 1.4
segmente e dimensione a caixa de corte em torno do segmento LV (0 = sem segmentação) e
dimensione a caixa de corte em torno do LV (0 = sem segmentação)

-k --skip = 0
pule imagens no início da série, pois são de outras
modalitiesskip imagens no início da série como são de outras
modalidades

-m --max-ica-iter = 400
número máximo de iterações no ICA; número máximo de iterações no ICA

-E --segmethod = features
Método de segmentação
pico delta - diferença das imagens de realce de pico
características - imagens de destaque
recurso delta - diferença das imagens de destaque

Tratamento
--threads = -1
Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento, este número deve ser menor
ou igual ao número de núcleos de processador lógico na máquina. (-1:
estimativa automática). Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento,
o número deve ser menor ou igual ao número de núcleos de processador lógico em
a máquina. (-1: estimativa automática).

Registo
-c --cost = ssd
critério de registro

-O --optimizer = gsl: opt = simplex, step = 1.0
Otimizador usado para minimizaçãoOptimizer usado para minimização Para
plug-ins suportados, consulte PLUGINS: minimizer / singlecost

-f --transForm = rigid
tipo de transformação tipo de transformação Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 2dimage / transform

-l --mg-levels = 3
níveis de resolução múltipla; níveis de resolução múltipla

-R - referência = -1
Referência global com a qual todas as imagens devem ser alinhadas. Se definido como não negativo
valor, as imagens serão alinhadas a essas referências, e a saída cortada
a data da imagem será injetada nas imagens originais. Saia em -1 se você
não me importo. Neste caso, todas as imagens devem ser registradas em uma posição média de
a referência movementGlobal com a qual todas as imagens devem ser alinhadas. Se definido como um
valor não negativo, as imagens serão alinhadas a essas referências, e o
a data da imagem de saída cortada será injetada nas imagens originais. Sair
em -1 se você não se importar. Neste caso, todas as imagens devem ser registradas em um
posição média do movimento

-P --passes = 2
passes de registro passes de registro

PLUGINS: 1d / splinebc

espelho Condições de limite de interpolação de spline que se espelham no limite

(sem parâmetros)

repetir Condições de limite de interpolação de spline que repete o valor no limite

(sem parâmetros)

zero Condições de limite de interpolação de spline que assume zero para valores fora

(sem parâmetros)

PLUGINS: 1d / splinekernel

spline Criação de kernel B-spline, os parâmetros suportados são:

d = 3; int em [0, 5]
Grau de spline.

mães Criação de kernel OMoms-spline, os parâmetros suportados são:

d = 3; int em [3, 3]
Grau de spline.

PLUGINS: 2dimage / transform

refinado Transformação afim (seis graus de liberdade)., Os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

rígido Transformações rígidas (ou seja, rotação e translação, três graus de
liberdade)., os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

podridão = [[0,0]]; vetor 2df
Centro de rotação relativa, ou seja, <0.5,0.5> corresponde ao centro do
retângulo de suporte.

rotação Transformações de rotação (ou seja, rotação em torno de um determinado centro, um grau de
liberdade)., os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

podridão = [[0,0]]; vetor 2df
Centro de rotação relativa, ou seja, <0.5,0.5> corresponde ao centro do
retângulo de suporte.

estriado Transformação de forma livre que pode ser descrita por um conjunto de coeficientes B-spline
e um kernel B-spline subjacente., os parâmetros suportados são:

analisar = [[0,0]]; vetor 2df
taxa do coeficiente anisotrópico em pixels, os valores não positivos serão
sobrescrito pelo valor de 'taxa'.

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

núcleo = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel da spline de transformação. Para obter os plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

pena =; fábrica
Termo de penalidade de transformação. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 2dtransform / splinepenalty

taxas = 10; flutuar em [1, inf)
taxa do coeficiente isotrópico em pixels.

traduzir Apenas tradução (dois graus de liberdade), os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

vf Este plug-in implementa uma transformação que define uma tradução para cada
ponto da grade que define o domínio da transformação., com suporte
os parâmetros são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

PLUGINS: 2dtransform / splinepenalty

divcurl penalidade divcurl na transformação, os parâmetros suportados são:

enrolar = 1; flutuar em [0, inf)
peso de penalidade na onda.

div = 1; flutuar em [0, inf)
peso de penalidade na divergência.

norma = 0; bool
Defina como 1 se a penalidade deve ser normalizada em relação à imagem
tamanho.

peso = 1; flutuar em (0, inf)
peso da energia de penalidade.

PLUGINS: minimizador / custo único

gdas Descida do gradiente com correção automática do tamanho do passo., Os parâmetros suportados são:

Ftolr = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se a mudança relativa do critério estiver abaixo.

passo máximo = 2; dobrar em (0, inf)
Tamanho máximo absoluto do passo.

maxiter = 200; uint em [1, inf)
Critério de parada: o número máximo de iterações.

passo mínimo = 0.1; dobrar em (0, inf)
Tamanho mínimo absoluto do passo.

xtola = 0.01; dobrar em [0, inf)
Pare se a norma da alteração aplicada a x estiver abaixo desse valor.

gdsq Descida de gradiente com estimativa de passo quadrático, os parâmetros suportados são:

Ftolr = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se a mudança relativa do critério estiver abaixo.

gtola = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se o inf-norm do gradiente estiver abaixo deste valor.

maxiter = 100; uint em [1, inf)
Critério de parada: o número máximo de iterações.

escada = 2; dobrar em (1, inf)
Escala de tamanho de passo fixo de fallback.

passo = 0.1; dobrar em (0, inf)
Tamanho do passo inicial.

xtola = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se o inf-norm de x-update estiver abaixo deste valor.

GSL plugin otimizador baseado nos otimizadores multimin da GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, os parâmetros suportados são:

eps = 0.01; dobrar em (0, inf)
otimizadores baseados em gradiente: param quando | grad | <eps, simplex: parar quando
tamanho simplex <eps ..

iter = 100; uint em [1, inf)
número máximo de iterações.

optar = gd; ditar
Otimizador específico a ser usado. Os valores suportados são:
namorados - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versão mais eficiente)
cg-fr - Algoritmo de gradiente conjugado Flecher-Reeves
gd - Gradiente descendente.
simplex - Algoritmo Simplex de Nelder e Mead
cg-pr - Algoritmo gradiente conjugado Polak-Ribiere

passo = 0.001; dobrar em (0, inf)
tamanho do passo inicial.

tol = 0.1; dobrar em (0, inf)
algum parâmetro de tolerância.

nlopt Algoritmos do minimizador usando a biblioteca NLOPT, para uma descrição do
otimizadores, por favor, veja 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms ', os parâmetros suportados são:

Ftola = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança absoluta do valor objetivo está abaixo
este valor.

Ftolr = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança relativa do valor objetivo está abaixo
este valor.

superior = inf; Duplo
Limite superior (igual para todos os parâmetros).

opção local = nenhum; dict
algoritmo de minimização local que pode ser necessário para o principal
algoritmo de minimização. Os valores suportados são:
gn-orig-direct-l - Retângulos de divisão (implementação original,
tendenciosa localmente)
gn-direto-l-noscal - Retângulos de divisão (fora de escala, tendenciosa localmente)
gn-isres - Estratégia de evolução de classificação estocástica aprimorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-direto-l-rand - Retângulos de divisão (tendenciosos localmente, randomizados)
ln-newuoa - Otimização irrestrita livre de derivados por iteração
Aproximação quadrática construída
gn-direto-l-rand-noscale - Retângulos de divisão (fora de escala, localmente
tendencioso, randomizado)
gn-orig-direto - Retângulos de divisão (implementação original)
ld-tnewton-precondi - Newton truncado pré-condicionado
ld-tnewton-restart - Newton truncado com reinício da descida mais íngreme
gn-direto - Retângulos de divisão
ln-neldermead - Algoritmo simplex Nelder-Mead
ln-cobyla - Otimização restrita por aproximação linear
gn-crs2-lm - Pesquisa aleatória controlada com mutação local
ld-var2 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 2
ld-var1 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 1
ld-mma - Método de mover assíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Nenhum
ld-lbfgs - BFGS de baixo armazenamento
gn-direto-l - Retângulos de divisão (polarizados localmente)
Nenhum - não especificar algoritmo
ln-bobyqa - Otimização com restrição limitada livre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ligado a ln-newuoa - Otimização limitada livre de derivados por
Aproximação quadrática construída iterativamente
ln-práxis - Otimização local sem gradiente por meio do eixo principal
Forma
gn-direto-noscal - Retângulos de divisão (sem escala)
ld-tnewton-precond-restart - Newton truncado pré-condicionado com
reiniciando a descida mais íngreme

diminuir = -inf; Duplo
Limite inferior (igual para todos os parâmetros).

maxiter = 100; int em [1, inf)
Critério de parada: o número máximo de iterações.

optar = ld-lbfgs; ditar
algoritmo de minimização principal. Os valores suportados são:
gn-orig-direct-l - Retângulos de divisão (implementação original,
tendenciosa localmente)
g-mlsl-lds - Multi-Level Single-Linkage (sequência de baixa discrepância,
exigem otimização e limites baseados em gradiente local)
gn-direto-l-noscal - Retângulos de divisão (fora de escala, tendenciosa localmente)
gn-isres - Estratégia de evolução de classificação estocástica aprimorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-direto-l-rand - Retângulos de divisão (tendenciosos localmente, randomizados)
ln-newuoa - Otimização irrestrita livre de derivados por iteração
Aproximação quadrática construída
gn-direto-l-rand-noscale - Retângulos de divisão (fora de escala, localmente
tendencioso, randomizado)
gn-orig-direto - Retângulos de divisão (implementação original)
ld-tnewton-precondi - Newton truncado pré-condicionado
ld-tnewton-restart - Newton truncado com reinício da descida mais íngreme
gn-direto - Retângulos de divisão
auglag-eq - Algoritmo Lagrangiano aumentado com restrições de igualdade
só
ln-neldermead - Algoritmo simplex Nelder-Mead
ln-cobyla - Otimização restrita por aproximação linear
gn-crs2-lm - Pesquisa aleatória controlada com mutação local
ld-var2 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 2
ld-var1 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 1
ld-mma - Método de mover assíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Nenhum
g-mlsl - Multi-Level Single-Linkage (requer otimização local e
limites)
ld-lbfgs - BFGS de baixo armazenamento
gn-direto-l - Retângulos de divisão (polarizados localmente)
ln-bobyqa - Otimização com restrição limitada livre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ligado a ln-newuoa - Otimização limitada livre de derivados por
Aproximação quadrática construída iterativamente
auglag - Algoritmo Lagrangiano Aumentado
ln-práxis - Otimização local sem gradiente por meio do eixo principal
Forma
gn-direto-noscal - Retângulos de divisão (sem escala)
ld-tnewton-precond-restart - Newton truncado pré-condicionado com
reiniciando a descida mais íngreme
ld-slqp - Programação Quadrática de Mínimos Quadrados Sequenciais

passo = 0; dobrar em [0, inf)
Tamanho do passo inicial para métodos livres de gradiente.

Pare = -inf; Duplo
Critério de parada: o valor da função fica abaixo desse valor.

xtola = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança absoluta de todos os valores x está abaixo disso
valor.

xtolr = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança relativa de todos os valores x está abaixo disso
valor.

EXEMPLO

Registre a série de perfusão fornecida em 'segment.set' usando a estimativa automática de ICA.
Pule duas imagens no início e, caso contrário, use os parâmetros padrão. Armazene o
resulta em 'registrado.set'.

mia-2dmyomilles -i segment.set -o registrado.set -k 2

AUTOR (es)

Gert Wollny

DIREITOS AUTORAIS

Este software é protegido por Copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Alemanha e Madrid, Espanha. Vêm
com ABSOLUTAMENTE NENHUMA GARANTIA e você pode redistribuí-lo sob os termos do GNU
LICENÇA PÚBLICA GERAL Versão 3 (ou posterior). Para obter mais informações, execute o programa com o
opção '--copyright'.

Use mia-2dmyomilles online usando serviços onworks.net