Este é o comando mia-3dbrainextractT1 que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
mia-3dbrainextractT1 - Extraia o cérebro de uma imagem de cabeça de ressonância magnética 3D T1.
SINOPSE
mia-3dbraineextractT1 -i -o [opções]
DESCRIÇÃO
mia-3dbraineextractT1 Este programa é usado para extrair o cérebro de imagens de RM T1. É primeiro
executa um agrupamento fuzzy c-means combinado e correção de campo B para facilitar um 3D
segmentação da imagem 3D. Em seguida, vários instaladores são executados para obter uma substância branca
segmentação como máscara inicial que é então usada para executar uma região crescente para obter uma máscara de
todo o cérebro. Finalmente, esta máscara é usada para extrair o cérebro do campo B0
imagens corrigidas.
OPÇÕES
-i --in-file = (entrada, obrigatório); Io
imagem (ns) de entrada a serem segmentadas Para os tipos de arquivo suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / io
-o --out-file = (saída, obrigatório); Io
máscara cerebral Para os tipos de arquivo suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / io
-n --no-of-classes = 3
número de classes; número de classes
-w --wm-class = 2
índice de matéria branca; índice de matéria branca
-p --wm-prob = 0.7
probabilidade de classe de matéria branca para a criação de máscara inicial classe de matéria branca
probabilidade de criação de máscara inicial
-t --grow-threshold = 20
limite de intensidade para o crescimento da região limite de intensidade para o crescimento da região
--grow-shape = 18n
região de máscara de bairro crescendo
Ajuda & Info
-V --verbose = aviso
detalhamento de saída, mensagens de impressão de determinado nível e prioridades mais altas.
As prioridades com suporte começando no nível mais baixo são:
info - Mensagens de baixo nível
traçar - Rastreamento de chamada de função
falhar - Reportar falhas de teste
aviso - Avisos
erro - Reportar erros
depurar - Saída de depuração
mensagem - Mensagens normais
fatal - Reportar apenas erros fatais
--direito autoral
imprimir informações de direitos autorais
-h --ajuda
imprima esta ajuda
-? --uso
imprimir uma pequena ajuda
--versão
imprima o número da versão e saia
Tratamento
--threads = -1
Número máximo de threads a serem usados para processamento, este número deve ser menor
ou igual ao número de núcleos de processador lógico na máquina. (-1:
estimativa automática). Número máximo de threads a serem usados para processamento,
o número deve ser menor ou igual ao número de núcleos de processador lógico em
a máquina. (-1: estimativa automática).
PLUGINS: 3dimage / io
analisar Analisar imagem 7.5
Extensões de arquivo reconhecidas: .HDR, .hdr
Tipos de elementos suportados:
8 bits não assinados, 16 bits assinados, 32 bits assinados, ponto flutuante 32 bits,
ponto flutuante de 64 bits
conjunto de dados IO virtual de e para o pool de dados interno
Extensões de arquivo reconhecidas:. @
dicom Série de imagens Dicom como 3D
Extensões de arquivo reconhecidas: .DCM, .dcm
Tipos de elementos suportados:
16 bits com sinal, 16 bits sem sinal
hdf5 IO de imagem 5D HDF3
Extensões de arquivo reconhecidas: .H5, .h5
Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, flutuante
ponto de 32 bits, ponto flutuante de 64 bits
ínria Imagem INRIA
Extensões de arquivo reconhecidas: .INR, .inr
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits
mhd MetaIO 3D IO de imagem usando a implementação VTK (experimental).
Extensões de arquivo reconhecidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits
bacana NIFTI-1 imagem 3D IO
Extensões de arquivo reconhecidas: .NII, .nii
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, ponto flutuante 32
bit, ponto flutuante 64 bits
vff Formato raster VFF Sun
Extensões de arquivo reconhecidas: .VFF, .vff
Tipos de elementos suportados:
8 bits sem sinal, 16 bits com sinal
vista Visualização 3D
Extensões de arquivo reconhecidas: .V, .VISTA, .v, .vista
Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado
vti Entrada e saída VTK-XML de imagem 3D (experimental).
Extensões de arquivo reconhecidas: .VTI, .vti
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits
vtk Entrada e saída de legado de imagem 3D VTK (experimental).
Extensões de arquivo reconhecidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage
Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado
EXEMPLO
Crie uma máscara a partir da imagem de entrada executando uma segmentação de 5 classes sobre a imagem inpt
input.v e usar a classe 4 como classe de substância branca e armazenar a imagem mascarada em masked.v e
a imagem corrigida de campo B0 em b0.v
mia-3dbrainextractT1 -i input.v -n 5 -w 4 -o mascarado.v
AUTOR (es)
Gert Wollny
DIREITOS AUTORAIS
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LICENÇA PÚBLICA GERAL Versão 3 (ou posterior). Para obter mais informações, execute o programa com o
opção '--copyright'.
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