mipe2dbSTS - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mipe2dbSTS.pl - Gera arquivo de entrada para envio ao dbSTS
incluído na saída: seção STS de envio dbSTS
baseado no MIPE versão v1.1
argumentos: * mipe_file
* arquivo de configuração
* (opcional) lista de IDs de PCR

O arquivo de configuração consiste em linhas contendo uma chave e um valor, separados por um sinal de igual ('=').
A chave consiste no nome em minúsculas do arquivo de envio NCBI (consulte o site dbSTS), seguido por
um sublinhado e o nome em minúsculas do campo nesse arquivo.
Os seguintes campos devem ser definidos no arquivo de configuração:
pub_title =
pub_authors =
source_name =
source_organism =
cont_name =
cont_fax =
cont_tel =
cont_email =
cont_lab =
cont_inst =
cont_addr =
protocol_name =
protocol_protocol =
buffer_name =
buffer_buffer =
sts_pcr_profile =
Para protocol_protocol, buffer_buffer e sts_pcr_profile, mais linhas são necessárias (veja o exemplo).

Um exemplo de arquivo de configuração tem a seguinte aparência:
pub_title = Mapeamento genético de SNPs de frango
pub_authors = Aerts, JA; Veenendaal, T .; Crooijmans, RPMA; Groenen, MAM
source_name = DNA genômico de frango
source_organism = Gallus gallus
cont_name = Jan Aerts
cont_fax = + 31 317 483929
cont_tel = + 31 317 483397
cont_email =[email protegido]
cont_lab = Grupo de Criação Animal e Genômica
cont_inst = Universidade de Wageningen
cont_addr = PO Box 338, 6700 AH Wageningen, Holanda
protocol_name = Protocol_Aerts
protocol_protocol = Modelo: 30-60 ng
protocol_protocol = Primer: a cada 4 uM
protocol_protocol = dNTPs: cada 200 uM
protocol_protocol = Taq: 0.3 unidades
protocol_protocol = Volume: 12 ul
buffer_name = Buffer_Aerts
buffer_buffer = MgCl2: 1.5 mM
buffer_buffer = (NH4) 2SO4: 20 mM
buffer_buffer = Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer = Tween 20: 0.01% (p / v)
buffer_buffer = pH: 8.8

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