mkdssp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mkdssp - Calcula a estrutura secundária para proteínas em um arquivo PDB

SINOPSE

mkdssp [OPÇÃO] pdbfile [dsspfile]

DESCRIÇÃO

A mkdssp programa foi originalmente desenvolvido por Wolfgang Kabsch e Chris Sander para
padronizar a atribuição da estrutura secundária. DSSP é um banco de dados de estrutura secundária
atribuições (e muito mais) para todas as entradas de proteínas no Protein Data Bank (PDB) e
mkdssp é o aplicativo que calcula as entradas DSSP a partir das entradas PDB. Observe
que mkdssp parece não predizer estrutura secundária.

OPÇÕES

Se você invocar mkdssp com apenas um parâmetro, ele será interpretado como o arquivo PDB para
o processo e a saída serão enviados para stdout. Se um segundo parâmetro for especificado, este é
interpretado como o nome do arquivo DSSP a ser criado. Tanto o arquivo de entrada quanto o de saída
os nomes podem ter .gz ou .bz2 como extensão, resultando na compactação adequada.

-i, --entrada nome do arquivo
O nome do arquivo de um PDB arquivo formatado contendo os dados da estrutura da proteína. Esse
O arquivo pode ser um arquivo compactado por gzip ou bzip2.

-o, --resultado nome do arquivo
O nome do arquivo de um DSSP arquivo para criar. Se o nome do arquivo terminar em .gz ou .bz2 a
arquivo compactado é criado.

-v, --verbose
Escreva as informações de diagnóstico.

--versão
Imprima o número da versão e saia.

-h, --Socorro
Imprima a mensagem de ajuda e saia. O diretório que contém os scripts do analisador para
Sra.

TEORIA

O programa DSSP funciona calculando a atribuição de estrutura secundária mais provável dada
a estrutura 3D de uma proteína. Ele faz isso lendo a posição dos átomos em um
proteína (o ATOM registra em um arquivo PDB) seguido pelo cálculo da energia da ligação H
entre todos os átomos. As melhores duas ligações H para cada átomo são então usadas para determinar a maioria
provável classe de estrutura secundária para cada resíduo na proteína.

Isso significa que você precisa ter uma estrutura 3D completa e válida para que uma proteína seja capaz de
calcular a estrutura secundária. Não há mágica no DSSP, então, por exemplo, ele não consegue adivinhar o
estrutura secundária para uma proteína mutada para a qual você não tem a estrutura 3D.

DSSP ARQUIVO FORMATO

A parte do cabeçalho de cada arquivo DSSP é autoexplicativa e contém algumas das informações
copiado do arquivo PDB e há algumas estatísticas coletadas durante o cálculo do
estrutura secundária.

A segunda metade do arquivo contém as informações da estrutura secundária calculada por
resíduo. O que se segue é uma breve explicação para cada coluna.

Coluna Nome Descrição
────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────────────────────────────
# O número do resíduo contado por mkdssp
RESIDUE O número do resíduo conforme especificado pelo arquivo PDB
seguido por um identificador de cadeia.

AA O código de uma letra para o aminoácido. Se este
a letra é minúscula, isso significa que este é um
cisteína que forma uma ponte de enxofre com o
outro aminoácido nesta coluna com o mesmo
letra minúscula.
ESTRUTURA Esta é uma coluna complexa contendo vários sub
colunas. A primeira coluna contém uma carta
indicando a estrutura secundária atribuída a
este resíduo. Os valores válidos são:
Code Descrição
H Alfa Hélice
Ponte B Beta
Costa E
G Hélice-3
I Hélice-5
Volta em T
Curva S
A seguir estão três colunas que indicam para
cada um dos três tipos de hélice (3, 4 e 5)
se este resíduo é um candidato na formação
esta hélice. UMA > personagem indica que começa um
hélice, um número indica que está dentro de tal
hélice e um < personagem significa que termina a hélice.
A próxima coluna contém um caractere S se este
resíduo é uma curva possível.
Então, há uma coluna indicando a quiralidade
e isso pode ser positivo ou negativo
(ou seja, a torção alfa é positiva ou
negativo).
As duas últimas colunas contêm rótulos de ponte beta.
Letras minúsculas aqui significam ponte paralela e, portanto,
maiúsculas significa anti paralelo.
BP1 e BP2 O primeiro e segundo candidato a par de ponte, este
é seguido por uma letra indicando a folha.
ACC A acessibilidade desse resíduo, esse é o
área de superfície expressa em Ångstrom quadrado que
pode ser acessado por uma molécula de água.
NH -> O..O -> HN Quatro colunas, dão para cada resíduo o
Energia de ligação H com outro resíduo onde o
o resíduo atual é aceitador ou doador.
Cada coluna contém dois números, o primeiro é
um deslocamento do resíduo atual para o
resíduo de parceiro nesta ligação H (em DSSP
numeração), o segundo número é o calculado
energia para esta ligação H.
TCO O cosseno do ângulo entre C = O do
resíduo atual e C = O do resíduo anterior. Para
alfa-hélices, TCO está próximo de +1, para folhas beta
O TCO está próximo de -1. Não usado para estrutura
definição.
Kappa O ângulo de ligação virtual (ângulo de dobra) definido por
os três átomos C-alfa da corrente de resíduos
- 2, corrente e corrente + 2. Usado para definir
bend (código de estrutura 'S').
Ângulos de torção do esqueleto do peptídeo IUPAC PHI e PSI.
X-CA, Y-CA e Z-CA As coordenadas C-alfa

HISTÓRIA

O aplicativo DSSP original foi escrito por Wolfgang Kabsch e Chris Sander em Pascal.
Esta versão é uma reescrita completa em C ++ com base no código-fonte original. Alguns bugs
foram corrigidos desde então e os algoritmos foram ajustados aqui e ali.

TUDO

O código precisa desesperadamente de uma atualização. A primeira coisa que precisa ser implementada é o
melhor reconhecimento de hélices-pi. Uma segunda melhoria seria usar o ângulo dependente
Cálculo da energia da ligação H.

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