Este é o primerse de comando que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
primers - versão simples do primer3 para escolher primers de PCR
SINOPSE
primers -seqüência sequência [-região de destino alcance] [-minize número inteiro] [-tamanho máximo número inteiro]
[-maxdifftm flutuar] [-explicar sinalizador booleano] [-numretorno número inteiro] -arquivo de saída arquivo de saída
primers -Socorro
DESCRIÇÃO
primers é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Nucleic: Primers".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência sequência
A sequência a partir da qual escolher os primers. A sequência deve ser apresentada 5 '-> 3'
Adicional seção
-região de destino alcance
Se um ou mais alvos forem especificados, um par de primer legal deve flanquear pelo menos um
deles. Um destino pode ser um site de repetição de sequência simples (por exemplo, uma repetição de CA) ou
um polimorfismo de par de base único. O valor deve ser uma lista separada por espaços de
, pares onde é o índice da primeira base de uma Meta, e
é o último Eg 50,51 requer primers para circundar as 2 bases nas posições 50
e 51.
-minize número inteiro
Comprimento mínimo aceitável de um primer. Deve ser maior que 0 e menor ou igual
para MAX-SIZE. Valor padrão: 18
-tamanho máximo número inteiro
Comprimento máximo aceitável (em bases) de um primer. Atualmente este parâmetro não pode ser
maior que 35. Este limite é governado pelo tamanho máximo do oligo para o qual o Primer3
temperatura de fusão é válida. Valor padrão: 27
-maxdifftm flutuar
Diferença máxima aceitável (sem sinal) entre as temperaturas de fusão do
primers direto e reverso. Valor padrão: 100.0
saída seção
-explicar sinalizador booleano
Se este sinalizador for diferente de 0, produz a saída LEFT-EXPLAIN e RIGHT-EXPLAIN, que são
destina-se a fornecer informações sobre o número de pares de primers que o Primer3 examinou,
e estatísticas sobre o número descartado por vários motivos. Valor padrão: N
-numretorno número inteiro
O número máximo de pares de primer a serem retornados. Os pares de primer retornados são classificados por
sua 'qualidade', em outras palavras, pelo valor da função objetivo (onde um menor
número indica um par de primer melhor). Cuidado: definir este parâmetro para um grande
valor aumentará o tempo de execução. Valor padrão: 5
-arquivo de saída arquivo de saída
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