psi3 - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

psi3 - driver de execução mestre para os programas PSI

DESCRIÇÃO

O programa psi3 lê seu deck de entrada, determina que tipo de cálculo você está tentando
para executar e executa os programas apropriados. psi3 lê o arquivo
/usr/local/psi3/share/psi.dat por padrão. Este arquivo contém macros para alguns padrões
cálculos. Psi é muito flexível, no entanto, qualquer coisa no arquivo psi.dat pode ser
substituído pelo usuário. Assim, tudo o que está escrito abaixo deve ser considerado com um grão de
sal. A experimentação é a melhor maneira de aprender o psi3 comando, e nada que seja
escrito aqui deve ser tomado como um evangelho. Um bom lugar para procurar a sintaxe é em psi.dat
Arquivo. Esperançosamente, esta página de manual e o arquivo psi.dat devem lhe dizer tudo o que você precisa saber
para começar.

LINHA DE COMANDO OPÇÕES

Os seguintes argumentos de linha de comando estão disponíveis:

-i or -f
Este sinalizador é usado para especificar o nome do arquivo de entrada, por exemplo psi3 -i h2o.in onde h2o.in
é o nome do arquivo de entrada. Por padrão, psi3 e os módulos PSI que ele chama parecerão
for entrada.dat .

-o Este sinalizador é usado para especificar o nome do arquivo de saída, por exemplo psi3 -o h2o.fora onde
h2o.in é o nome do arquivo de saída. Por padrão, psi3 e módulos PSI que ele chama
vai procurar por saída.dat .

-p Este sinalizador é usado para especificar o prefixo do arquivo PSI, por exemplo psi3 -p h2o.dzp onde
h2o.dzp é o prefixo que será usado para todos os arquivos PSI. Por padrão, psi3 e PSI
módulos que ele chama usarão psi para o prefixo do arquivo. Conseqüentemente, o arquivo de checkpoint
é por padrão chamado psi.32 .

--sem entrada or -n
Isso diz psi3 motorista não deve correr entrada programa. Este sinalizador é útil para scripts
e depuração.

--Verifica or -c
Isso diz psi3 driver para verificar a entrada e imprimir a lista de programas que
seria executado. Equivalente a configuração CHECK = TRUE no arquivo de entrada.

--confuso or -m
Isso diz psi3 o driver não executa o programa de limpeza psicleano . Normalmente, a limpeza
programa é invocado por meio do $ feito macro definido em psi.dat . Este sinalizador é útil
para script e depuração.

INPUT FORMATO

O psi3 programa pesquisa através do caminho de palavra-chave padrão (primeiro PSI e depois PADRÃO)
para as seguintes palavras-chave:

TIPO DE EMPREGO = corda
Isso diz ao psi3 programa de driver que tipo de cálculo você deseja executar.
As escolhas aceitáveis ​​são: SP (para um cálculo de energia de ponto único), OPT (para um
otimização, seja usando gradientes ou energias), frequencia (para vibração harmônica
frequências), FC (para constantes de força por diferenças finitas de coordenadas internas
), SYMM_FC (para constantes de força por diferenças finitas de coordenadas internas,
modos simétricos apenas), DISP (para uma série de pontos únicos em diferentes deslocados
geometrias), DBOC (para calcular a Correção Diagonal Born-Oppenheimer [DBOC] para
energia eletrônica). O padrão é SP.

WFN = corda
Este é o tipo de função de onda desejada. No momento em que escrevo,
os valores aceitáveis ​​para WFN são SCF, MP2, CCSD, CCSD_T, DETCI, CASSCF e RASSCF.
Ter WFN definido como qualquer outra coisa não é necessariamente ruim, mas não espere psi3
para ser capaz de descobrir o que fazer. Se você tiver um WFN fora do padrão, ele
provavelmente seja melhor fornecer uma seção EXEC (veja abaixo). Não há padrão.

REFERÊNCIA = corda
Isso especifica a função de onda de referência desejada. Pode ser um de rhf (para
concha fechada com restrição de rotação Hartree-Fock), ROHF (para um shell aberto com restrição de rotação
Hartree-Fock), UHF (para um Hartree-Fock sem restrição de rotação de shell aberto), ou DOIS
(para um singlet de duas configurações). O padrão é rhf.

TIPO DE DER = corda
Isso especifica a ordem da derivada que deve ser feita. O padrão
is NENHUM.

OPT = booleano
Defina igual a verdadeiro se estiver executando uma otimização da geometria. O padrão
é falso. Nota: Esta é uma palavra-chave antiga que agora está obsoleta; foi substituído
pelo TIPO DE EMPREGO palavra chave.

NÃO = número inteiro
Isso fornece o número máximo de iterações se OPT for verdadeiro. O padrão é 1.

DISP = booleano
Defina igual a verdadeiro se estiver realizando deslocamentos finitos. O padrão
é falso. Nota: Esta é uma palavra-chave antiga que agora está obsoleta; foi substituído
pelo TIPO DE EMPREGO palavra chave.

NDISP = número inteiro
Isso fornece o número máximo de deslocamentos se DISP for verdadeiro. O padrão é 1.

NCASITER = número inteiro
Isso fornece o número máximo de iterações CASSCF se WFN = CASSCF. O padrão é
1.

VERIFICAÇÃO = booleano
Se isso for verdade, então psi3 irá analisar seu deck de entrada e imprimir a sequência
de comandos a serem executados. O padrão é falso.

EXEC = vetor_string
O vetor EXEC contém uma lista de comandos a serem executados por psi3. Explícito
os comandos podem ser inseridos entre aspas, ou variáveis ​​predefinidas podem ser inseridas usando
a convenção $variável (veja os exemplos abaixo). Portanto, se você deseja executar inteiros at
algum ponto, você poderia ter

psi: (
executável = (
...
"ints"
...
)
)

or

psi: (
ints = "ints"
executável = (
...
$ ints
...
)
)

em sua entrada.

LOOP CONTROLE

O controle de loop é feito por meio dos comandos embutidos "repetir" e "finalizar". A sintaxe é

repetir n [comandos a serem executados] fim

onde n é o número de vezes para repetir o loop. Uma inspeção do arquivo psi.dat irá
mostrar que é assim que otimizações de geometria e deslocamentos finitos são realizados; no
estes casos n é definido igual a NOPT ou NDISP.

EXEMPLOS

Digamos que você queira fazer uma otimização da geometria scf. Sua psi3 a entrada poderia ser:

predefinição: (
tipo de trabalho = optar
wfn = scf
dertype = primeiro
referência = rhf
não = 5
...
)

O Quê psi3 faria com isso é olhar em psi.dat ou sua entrada para uma variável chamada
SCFCLOSEDFIRSTOPT (você vê, psi catena os valores (aproximadamente) para WFN, REFERÊNCIA,
DERTYPE e OPT / DISP, aproximadamente nessa ordem (caso não importa)), e então
executa os comandos definidos no vetor SCFCLOSEDFIRSTOPT. Entendi?

Então agora, digamos que você deseja executar um programa "myscf" em vez de qualquer scf psi3 pensa
você deve correr. O que você faria é colocar a linha

scf = "myscf"

em sua entrada.

Ok, um último exemplo, então você está por conta própria. Eu quero correr adequado depois de derivar Na minha
gradiente scf. Eu teria várias maneiras de fazer isso.

1) Força bruta

predefinição: (
executável = (
repetir 5
"cints"
"cscf"
$ deriv% isto é definido em psi.dat como "cints --deriv1"
"oeprop"
$ geomupdate% está definido em psi.dat
final
$ feito
)
)

2) Elegante

predefinição: (
SCFFirst = ($ ints $ scf $ deriv $ oeprop)
)

3) Obscuro

predefinição: (
deriv = ("cints --deriv1" "oeprop")
)

E existem outros. O único limite é sua própria imaginação torturada.

Como eu disse, a melhor maneira de descobrir o que psi3 pode fazer é olhar em psi.dat, e jogar
ao redor por um tempo. A opção CHECK é muito útil para isso. Boa sorte!

25 de Agosto de 2003 psi3(1).

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