Este é o comando subread-buildindex que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
subread-buildindex - constrói um índice de espaço de base ou espaço de cor usando a referência
sequências
USO
subleitura-buildindex [opções] -o {FASTA arquivo1} [FASTA arquivo2] ...
Argumentos necessários:
-o
nome de base do índice a ser criado
Argumentos opcionais:
-F construir um índice completo para o genoma de referência. Subreads de 16bp serão extraídos de
cada posição do genoma de referência. O tamanho do índice é normalmente 3 vezes o
tamanho do índice criado a partir da configuração padrão.
-B crie um bloco de índice. O índice construído não será dividido em várias partes.
Isso faz com que a maior quantidade de memória seja solicitada ao executar alinhamentos, mas
permite que a velocidade máxima de mapeamento seja alcançada. Esta opção substitui -M quando
ele também é fornecido.
-M
tamanho da memória solicitada (RAM) em megabytes, 8000 por padrão.
-f
especificar o limite para a remoção de subreads não informativos (16mers altamente repetitivos
na referência). 100 por padrão.
-c construir um índice de espaço de cores.
-v versão de saída do programa.
Para obter mais informações sobre esses argumentos, consulte o Manual do Usuário.
subread- 1.5.0-p1 + dfsg-2
Use subread-buildindex online usando serviços onworks.net
