Velvetg_63_long - On-line na Nuvem

PROGRAMA:

NOME

Velvetg_63_long - construção de gráfico de De Bruijn, remoção de erros e resolução repetida
(MAXKMERLENGTH = 63, LONGSEQUENCES)

DESCRIÇÃO

Uso: ./velvetg diretório [opções]

anuário
: nome do diretório de trabalho

Padrão opções:
-cov_cutoff
: remoção de nós de baixa cobertura APÓS o ônibus de turismo ou permitir que o sistema deduza isso

(padrão: sem remoção)

-ins_length
: distância esperada entre duas leituras finais emparelhadas (padrão: sem pareamento de leitura)

-read_trkg
: rastreamento de posições de leitura curtas na montagem (padrão: sem rastreamento)

-min_contig_lgth
: comprimento mínimo do contig exportado para o arquivo contigs.fa (padrão: comprimento do hash * 2)

-amos_arquivo
: exportar montagem para arquivo AMOS (padrão: sem exportação)

-exp_cov
: cobertura esperada de regiões únicas ou permitir que o sistema a deduza

(padrão: sem resolução de leitura longa ou emparelhada)

-long_cov_cutoff : remoção de nós com baixa cobertura de leitura longa APÓS tour
ônibus

(padrão: sem remoção)

Avançado opções:
-ins_length*
: distância esperada entre duas leituras emparelhadas na respectiva leitura curta
conjunto de dados (padrão: sem pareamento de leitura)

-ins_length_long
: distância esperada entre duas leituras longas emparelhadas (padrão: sem emparelhamento de leitura)

-ins_length*_SD
: desvio padrão estimado do respectivo conjunto de dados (padrão: 10% do correspondente
comprimento)

[substitua '*' por nada, '2' ou '_long' conforme necessário]

- andaimes
: andaime de contigs usado informações finais emparelhadas (padrão: ativado)

-max_branch_length
: comprimento máximo no par de base da bolha (padrão: 100)

-max_divergência : taxa de divergência máxima entre dois ramos em uma bolha
(padrão: 0.2)

-max_gap_count
: número máximo de lacunas permitidas no alinhamento dos dois ramos de uma bolha
(padrão: 3)

-min_pair_count
: número mínimo de conexões finais emparelhadas para justificar o andaime de duas longas
contigs (padrão: 5)

-max_coverage
: remoção de nós de alta cobertura APÓS o ônibus de turismo (padrão: sem remoção)

-coverage_mask
: cobertura mínima exigida para regiões confiáveis ​​de contigs (padrão: 1)

-long_mult_cutoff
: número mínimo de leituras longas necessárias para mesclar contigs (padrão: 2)

-unused_reads
: exporta leituras não utilizadas no arquivo UnusedReads.fa (padrão: não)

-alinhamentos
: exporta um resumo do alinhamento contig para as sequências de referência (padrão: não)

-exportar filtrado
: exporta os nós longos que foram eliminados pelos filtros de cobertura (padrão: não)

-limpar \ limpo
: remove todos os arquivos intermediários que são inúteis para recálculo (padrão:
não)

-muito limpo
: remove todos os arquivos intermediários (nenhum recálculo possível) (padrão: não)

-pair_exp_fraction
: remove todas as conexões finais emparelhadas que menos do que a fração especificada de
a contagem esperada (padrão: 0.1)

-shortMatePaired*
: para bibliotecas de pares de pares, indica que a biblioteca pode estar contaminada com
leituras emparelhadas (padrão não)

-conserve Longo
: preservar sequências com longas leituras nelas (padrão não)

Saída:
diretório / contigs.fa
: arquivo fasta de contigs com mais de duas vezes o comprimento de hash

diretório / stats.txt
: arquivo de estatísticas (com espaçamento de tabulação) útil para determinar o corte de cobertura apropriado

diretório / LastGraph
: arquivo formatado especial com todas as informações do gráfico final

diretório / velvet_asm.afg
: (se solicitado) arquivo de montagem compatível com AMOS

Use Velvetg_63_long online usando serviços onworks.net