Este é o aplicativo Linux chamado iCAS - An Illumina Clone Assembly System para rodar no Linux online, cuja última versão pode ser baixada como icas_v062.tar.bz2. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado iCAS - An Illumina Clone Assembly System para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
iCAS - Um sistema de montagem de clones da Illumina para rodar no Linux online
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DESCRIÇÃO
O sequenciamento clone a clone, como meio de obter montagens de alta qualidade para genomas grandes e complexos, continua sendo de grande relevância na era do sequenciamento de alto rendimento. No entanto, as montagens obtidas usando os atuais montadores de genoma inteiro são muitas vezes fragmentadas e às vezes têm problemas de integridade do genoma devido a diferentes características de dados introduzidas pelo sequenciamento multiplexado.Com o iCAS, o processo de filtragem de dados é baseado em um novo algoritmo de frequência kmer, resultando em leituras de pré-montagem quase perfeitas. Os contigs são gerados usando diferentes algoritmos de montagem e depois mesclados para obter uma continuidade mais longa. Realinhar todas as leituras de volta aos contigs de rascunho e recalibrar cada base de sequência alcança um consenso final. Usando clones acabados para QC, o pipeline é capaz de obter montagens com cobertura de clone de 99.7% e qualidade de base de consenso de Q39.
Desenvolvido no Instituto Wellcome Trust Sanger.
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Perl, c
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/icas/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.
